Perbedaan utama antara linker dan adaptor adalah linker tidak memiliki ujung yang kohesif sedangkan adaptor memiliki satu ujung yang kohesif.
DNA ligasi adalah proses menggabungkan dua molekul DNA, membentuk ikatan fosfodiester. Enzim yang disebut DNA ligase mengkatalisis reaksi ini. Ini adalah salah satu langkah penting dalam bidang biologi molekuler modern seperti teknologi DNA rekombinan dan kloning DNA. Efisiensi ligasi tergantung pada ujung molekul DNA yang akan diligasi. Ada dua jenis ujung DNA sebagai ujung lengket dan ujung tumpul. Efisiensi ligasi tinggi dengan ujung lengket dibandingkan dengan ujung tumpul. Jika molekul DNA target memiliki ujung tumpul, molekul yang disebut adaptor atau penghubung akan berguna. Adaptor dan penghubung adalah molekul oligonukleotida yang disintesis secara kimia yang membantu dalam ligasi DNA. Mereka memiliki situs pembatasan internal juga. Adaptor memiliki satu ujung lengket dan satu ujung tumpul, sedangkan penghubung memiliki dua ujung tumpul.
Apa itu Linker?
Linker adalah urutan oligonukleotida yang disintesis secara kimia yang beruntai ganda. Linker memiliki dua ujung tumpul. Linker digunakan untuk mengikat molekul DNA yang memiliki ujung tumpul ke vektor. Ini berisi satu atau lebih situs pembatasan internal. Situs restriksi ini berfungsi sebagai situs pengenalan enzim restriksi.
Gambar 01: Penghubung
Setelah ligasi, DNA dibatasi lagi dengan enzim restriksi untuk menghasilkan ujung yang kohesif. EcoRI-linker dan sal-I linker biasanya digunakan sebagai linker.
Apa itu Adaptor?
Adaptor adalah urutan oligonukleotida untai ganda yang digunakan untuk menghubungkan dua molekul DNA bersama-sama. Ini adalah urutan pendek dengan satu ujung tumpul dan satu ujung lengket atau kohesif. Oleh karena itu, ia terdiri dari ekor beruntai tunggal di salah satu ujungnya, yang meningkatkan efisiensi ligasi DNA.
Gambar 02: Ligasi DNA oleh Adaptor
Selain itu, adaptor memiliki situs pembatasan internal. Oleh karena itu, setelah ligasi, DNA dapat dibatasi dengan enzim restriksi yang sesuai untuk membuat ujung baru yang menonjol. Salah satu kelemahan adaptor adalah bahwa dua adaptor dapat membentuk dimmer dengan memasangkan basis dengan diri mereka sendiri. Hal ini dapat dihindari dengan memperlakukan mereka dengan enzim yang disebut alkaline phosphatase.
Apa Persamaan Antara Linker dan Adaptor?
- Baik penaut maupun adaptor adalah rangkaian oligonukleotida pendek untai ganda.
- Mereka membawa situs pembatasan internal.
- Selain itu, mereka adalah molekul DNA yang disintesis secara kimia dan merupakan molekul sintetis.
- Mereka dapat menghubungkan dua molekul DNA bersama-sama.
- Setelah ligasi penghubung dan adaptor, DNA kembali dibatasi dengan enzim restriksi untuk menghasilkan ujung yang lengket.
Apa Perbedaan Antara Linker dan Adaptor?
Linker adalah dupleks oligonukleotida pendek yang disintesis secara kimia dengan dua ujung tumpul. Adaptor adalah dupleks oligonukleotida pendek yang disintesis secara kimia dengan satu ujung lengket dan satu ujung tumpul. Jadi, inilah perbedaan utama antara linker dan adaptor. Selain itu, adaptor dapat membentuk dimer, sedangkan penghubung tidak membentuk dimer. Jadi, ini adalah perbedaan signifikan lainnya antara linker dan adaptor.
Di bawah ini adalah ringkasan perbedaan antara linker dan adaptor dalam bentuk tabel.
Ringkasan – Linker vs Adaptor
Linker dan adaptor adalah dua jenis oligonukleotida yang disintesis secara kimia yang berguna dalam mengikat DNA ujung tumpul. Linker memiliki dua ujung tumpul, sedangkan adaptor memiliki satu ujung tumpul dan satu ujung kohesif. Jadi, inilah perbedaan utama antara linker dan adaptor. Mereka adalah molekul beruntai ganda yang memiliki situs restriksi internal. Mereka banyak digunakan dalam teknologi DNA rekombinan dan kloning DNA.
