Perbedaan utama antara NGS dan WGS adalah next-generation sequencing (NGS) adalah teknologi sekuensing generasi kedua paralel masif yang memiliki throughput tinggi, biaya rendah, dan cepat, sedangkan whole-genome sequencing (WGS) metode komprehensif untuk menganalisis seluruh DNA genom sel pada satu waktu dengan menggunakan teknik sekuensing seperti Sanger sequencing, shotgun approach atau high throughput NGS sequencing.
Dalam beberapa dekade terakhir, pemahaman tentang genom manusia dan hewan lain telah meningkat secara besar-besaran karena ditemukannya teknik sekuensing cepat dan alat bioinformatika. Teknik pengurutan konvensional seperti sekuensing Sanger memiliki keterbatasan, yang menyerukan pengembangan metode pengurutan cepat baru seperti pengurutan generasi berikutnya (NGS) dan pengurutan nanopore. Teknik whole-genome sequencing (WGS) adalah pendekatan terbaru yang sudah digunakan di banyak proyek penelitian genom, seperti 100.000 proyek genomik oleh Genomic England, Inggris. Jadi, NGS dan WGS adalah dua metode sekuensing yang saat ini digabungkan dalam banyak proyek genomik.
Apa itu NGS?
NGS (pengurutan generasi berikutnya) adalah teknologi pengurutan generasi kedua paralel masif yang memiliki throughput tinggi, biaya rendah, dan cepat. Tidak ada definisi yang tepat untuk pengurutan generasi berikutnya. Tetapi kita dapat dengan jelas membedakannya dari teknik pengurutan berbasis kapiler konvensional. Sekuensing generasi berikutnya memungkinkan pengurutan molekul DNA dengan ukuran total lebih besar dari 1 juta pasangan basa dalam satu percobaan. Ini menawarkan kecepatan yang belum pernah terjadi sebelumnya dan opsi throughput yang tinggi, seperti memungkinkan pengurutan DNA beberapa individu pada saat yang bersamaan. Ini dicapai dengan memperkecil volume reaksi sekuensing individu. Selain itu, ini juga membatasi ukuran instrumen dan meminimalkan biaya reagen per reaksi.
Gambar 01: Platform NGS
NGS adalah metode pengurutan bacaan pendek yang telah merevolusi bidang penelitian biologi. Selanjutnya, NGS diterapkan di berbagai bidang seperti sekuensing genom de novo, sekuensing seluruh genom, analisis transkriptom, sekuensing RNA kecil dan mikro RNA, sekuensing bertarget, dan sekuensing seluruh exome.
Apa itu WGS?
WGS (pengurutan seluruh genom) adalah metode komprehensif untuk menganalisis seluruh DNA genom sel pada satu waktu dengan menggunakan teknik pengurutan seperti pengurutan Sanger, pendekatan senapan, atau pengurutan NGS throughput tinggi. Ini juga dikenal sebagai sekuensing genom penuh atau sekuensing genom lengkap. Sekuensing seluruh genom memerlukan pengurutan semua DNA kromosom organisme serta DNA dalam mitokondria, dan untuk tanaman, DNA dalam kloroplas pada satu waktu. WGS memungkinkan para ilmuwan untuk membaca urutan yang tepat dari semua huruf yang membentuk set lengkap DNA. WGS menggunakan platform NGS diharapkan dapat merevolusi pengaturan klinis.
Gambar 02: WGS vs Urutan Senapan Hierarki
Pengurutan seluruh genom diperkenalkan ke perawatan klinis pada tahun 2014. Selanjutnya, penerapan WGS melibatkan pengurutan gen pada tingkat SNP untuk menentukan varian fungsional dalam studi asosiasi, intervensi terapeutik dalam pengobatan pribadi, biologi evolusioner, analisis genom komparatif, studi mutasi dan penataan ulang, studi asosiasi varian langka, dan memprediksi kerentanan penyakit dan respons obat.
Apa Persamaan Antara NGS dan WGS?
- NGS dan WGS adalah dua teknik pengurutan.
- Kedua teknik baik sekuens DNA atau RNA.
- Teknik ini baru dan dapat diandalkan.
- Keduanya digunakan untuk mendiagnosis penyakit dan penemuan obat.
Apa Perbedaan NGS dan WGS?
NGS adalah teknologi sekuensing generasi kedua paralel masif yang throughput tinggi, biaya rendah, dan cepat, sedangkan WGS adalah metode komprehensif untuk menganalisis seluruh DNA genom sel pada satu waktu dengan menggunakan teknik pengurutan seperti sebagai pengurutan Sanger, pendekatan senapan atau pengurutan NGS throughput tinggi. Jadi, inilah perbedaan utama antara NGS dan WGS. Selanjutnya, NGS hanya terdiri dari metode pengurutan generasi kedua sedangkan WGS terdiri dari metode pengurutan generasi pertama, kedua, dan ketiga.
Tabel berikut menyajikan perbedaan antara dan NGS dan WGS dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.
Ringkasan – NGS vs WGS
Dalam beberapa dekade terakhir, teknik pengurutan yang berbeda telah diterapkan secara rutin dalam penelitian molekuler kontemporer. Dan bahkan mereka adalah alat yang sangat kuat untuk banyak aplikasi klinis. NGS dan WGS adalah dua metode sekuensing yang saat ini digabungkan dalam banyak proyek genomik. NGS adalah teknologi sequencing generasi kedua yang throughput tinggi, biaya rendah, dan cepat. Di sisi lain, WGS adalah metode menganalisis seluruh DNA genom atau DNA genom penuh sel pada satu waktu dengan menggunakan teknik sequencing seperti Sanger sequencing, pendekatan shotgun, atau sequencing NGS throughput tinggi. Nah, itulah ringkasan perbedaan antara NGS dan WGS.
