Perbedaan utama antara homologi dan kesamaan dalam bioinformatika adalah bahwa homologi mengacu pada pernyataan tentang nenek moyang evolusioner umum dari dua urutan sedangkan kesamaan mengacu pada tingkat kemiripan antara dua urutan.
Bioinformatika adalah bidang ilmu yang menggabungkan biologi, teknik informasi, ilmu komputer, matematika, dan statistik untuk menganalisis dan menafsirkan data biologis. Homologi dan kesamaan adalah dua istilah yang kami gunakan di bidang bioinformatika. Kita dapat dengan mudah menghitung kesamaan sebagai persentase dari residu serupa selama panjang penyelarasan tertentu. Namun, kita tidak dapat menghitung homologi karena bisa benar atau salah dan biasanya tergantung pada hipotesis yang digunakan.
Apa itu Homologi dalam Bioinformatika?
Homologi dalam bioinformatika mengacu pada homologi biologis antara urutan DNA, RNA dan protein yang didefinisikan dalam hal sifat leluhur bersama dalam pohon evolusi kehidupan. Dengan kata lain, itu adalah nenek moyang evolusioner umum dari dua urutan. Alasan untuk kejadian tersebut bisa karena peristiwa spesiasi (ortolog), peristiwa transfer gen horizontal (xenolog) atau peristiwa duplikasi (paralog).
Gambar 01: Multiple Sequence Alignment
Adalah mungkin untuk menyimpulkan homologi antara DNA, RNA atau protein dengan kesamaan urutan asam amino atau nukleotidanya. Kesamaan yang signifikan berfungsi sebagai properti bukti yang kuat untuk menyimpulkan bahwa dua urutan terkait dengan urutan nenek moyang yang sama dengan perubahan evolusioner. Penjajaran beberapa barisan menunjukkan daerah dari setiap barisan dengan sifat homolog.
Apa Kesamaan dalam Bioinformatika?
Dalam bioinformatika, kesamaan menilai kesamaan antara dua protein atau urutan nukleotida. Ada dua langkah utama untuk proses ini. Langkah awal adalah penyelarasan berpasangan, yang membantu menemukan keselarasan optimal antara dua urutan (termasuk celah) menggunakan algoritme seperti BLAST, FastA, dan LALIGN. Setelah penyelarasan berpasangan, perlu untuk mendapatkan dua parameter kuantitatif dari setiap perbandingan berpasangan. Mereka adalah identitas dan kesamaan. Di BLAST, kesamaan pencarian dikenal sebagai positif.
Gambar 02: Pairwise Alignment
Mutasi konservatif terjadi ketika asam amino bermutasi menjadi residu serupa sambil mempertahankan sifat fisiokimia. Misalnya, jika arginin bermutasi menjadi lisin dengan muatan positif +1, itu diterima karena kedua asam amino memiliki sifat yang serupa dan tidak mengubah protein yang diterjemahkan. Oleh karena itu, pengukuran kesamaan tergantung pada kriteria bagaimana dua residu asam amino satu sama lain.
Apa Persamaan Homologi dan Persamaan dalam Bioinformatika?
- Homologi dan kesamaan adalah dua istilah teknis yang kita jumpai dalam bioinformatika.
- Selain itu, kedua istilah tersebut mengacu pada analisis molekuler barisan.
Apa Perbedaan Homologi dan Persamaan dalam Bioinformatika?
Homologi mengacu pada pernyataan tentang nenek moyang evolusioner umum dari dua urutan sedangkan kesamaan mengacu pada tingkat kemiripan antara dua urutan. Jadi, inilah perbedaan utama antara homologi dan kesamaan dalam bioinformatika. Selain itu, homologi tidak dapat dihitung karena bisa benar atau salah dan biasanya bergantung pada hipotesis sementara kesamaan dapat dengan mudah dihitung sebagai persentase residu serupa selama panjang penyelarasan tertentu. Oleh karena itu, ini adalah perbedaan yang signifikan antara homologi dan kesamaan dalam bioinformatika.
Berikut infografis perbedaan antara homologi dan kesamaan dalam bioinformatika.
Ringkasan – Homologi vs Kesamaan dalam Bioinformatika
Singkatnya, perbedaan utama antara homologi dan kesamaan dalam bioinformatika terletak pada definisinya. Homologi adalah pernyataan nenek moyang evolusioner umum dari dua urutan sedangkan kesamaan adalah kemiripan antara dua urutan. Homologi terjadi karena ortolog, paralog, dan xenolog. Saat menyimpulkan kesamaan, dimungkinkan untuk menggunakan algoritma seperti FastA, BLAST, dan LALIGN. Homologi tidak dapat dinyatakan sebagai perhitungan, tetapi kesamaan dapat dinyatakan sebagai persentase dari residu yang serupa pada panjang penjajaran tertentu. Demikian rangkuman perbedaan homologi dan kesamaan dalam bioinformatika.
