Perbedaan utama antara MLVA dan MLST adalah bahwa MLVA menggunakan polimorfisme sekuens DNA yang berulang secara tandem untuk mengkarakterisasi spesies mikroba, sementara MLST menggunakan polimorfisme sekuens DNA dari fragmen internal beberapa gen rumah tangga untuk mengkarakterisasi spesies mikroba.
Pengetikan mikroba biasanya digunakan untuk menentukan sumber dan rute infeksi. Ini mengkonfirmasi atau mengesampingkan wabah. Pengetikan mikroba juga melacak transmisi silang patogen terkait perawatan kesehatan dan mengenali galur virulen. Selain itu, pengetikan mikroba mengevaluasi efektivitas tindakan pengendalian spesies mikroba patogen. MLVA dan MLST adalah dua teknik biologi molekuler yang digunakan dalam pengetikan mikroba.
Apa itu MLVA?
Multiple loci VNTR analysis (MLVA) adalah metode biologi molekuler yang menggunakan polimorfisme sekuens DNA yang berulang secara tandem untuk mengkarakterisasi spesies mikroba. Ini adalah metode yang digunakan untuk analisis genetik spesies mikroba tertentu.
Selama langkah pertama MLVA, setiap lokus VNTR yang ditargetkan diamplifikasi oleh PCR dengan primer spesifik region yang mengapit. Fragmen yang diperoleh kemudian dipisahkan ukurannya dengan elektroforesis pada sekuenser kapiler. Genotipe setiap lokus dan hasil yang dikumpulkan dari setiap sampel memungkinkan karakterisasi mikroorganisme yang spesiesnya diketahui. Ini juga memungkinkan mengidentifikasi subspesies melalui pengetikan alel dan perbandingan dengan database MLVA.
Gambar 01: MLVA
Metode MLVA ini lebih selektif daripada metode MLST. Selanjutnya, metode MLVA tidak memerlukan langkah sekuensing DNA. Dengan demikian, memungkinkan untuk membedakan subspesies dekat atau spesies klon.
Apa itu MLST?
Multilocus sequence typing (MLST) adalah teknik yang menggunakan polimorfisme sekuens DNA dari fragmen internal beberapa gen rumah tangga untuk mengkarakterisasi spesies mikroba. MLST adalah teknik dalam analisis genetik untuk pengetikan beberapa lokus.
Gambar 02: MLST
Ini adalah jenis pengetikan sekuensing yang digunakan sebagai teknik referensi untuk membedakan galur spesies mikroba yang berbeda. Metode ini didasarkan pada pengurutan gen rumah tangga. Gen rumah tangga biasanya mengkodekan protein penting dari agen mikroba seperti bakteri. Urutan gen rumah tangga ini memiliki kekhasan dalam menghadirkan polimorfisme yang stabil dari waktu ke waktu. Oleh karena itu, perbedaan dalam urutan gen rumah tangga cukup untuk membedakan galur satu sama lain. Selanjutnya, skema MLST pertama yang dikembangkan adalah Neisseria meningitidis, agen penyebab meningitis meningokokus dan septikemia. Sejak diperkenalkan, MLST telah digunakan tidak hanya untuk patogen manusia tetapi juga untuk patogen tanaman.
Apa Persamaan Antara MLVA dan MLST?
- MLVA dan MLST adalah dua teknik biologi molekuler yang digunakan dalam pengetikan mikroba.
- Kedua teknik dapat digunakan untuk analisis filogenetik mikroba.
- Kedua teknik didasarkan pada polimorfisme genetik.
- Mereka dapat digunakan untuk mendeteksi penyakit manusia yang menyebabkan patogen mikroba.
- Kedua teknik harus dilakukan oleh ahli biologi molekuler yang terampil.
Apa Perbedaan MLVA dan MLST?
MLVA adalah teknik yang menggunakan polimorfisme sekuens DNA yang berulang secara tandem untuk mengkarakterisasi spesies mikroba. Sementara itu, MLST adalah teknik yang menggunakan polimorfisme sekuens DNA dari fragmen internal beberapa gen rumah tangga untuk mengkarakterisasi spesies mikroba. Jadi, inilah perbedaan utama antara MLVA dan MLST. Selain itu, metode MLVA lebih selektif daripada metode MLST.
Infografik di bawah ini menyajikan perbedaan antara MLVA dan MLST dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.
Ringkasan – MLVA vs MLST
MLVA dan MLST adalah dua teknik biologi molekuler yang digunakan dalam pengetikan mikroba. MLVA menggunakan polimorfisme sekuens DNA berulang tandem untuk mengkarakterisasi spesies mikroba, sementara MLST menggunakan polimorfisme sekuens DNA dari fragmen internal beberapa gen rumah tangga untuk mengkarakterisasi spesies mikroba. Jadi, inilah perbedaan utama antara MLVA dan MLST.
