Perbedaan utama antara CGH dan array CGH adalah bahwa CGH adalah metode sitogenetik molekuler tradisional untuk menganalisis variasi jumlah salinan dalam DNA sampel uji yang memiliki resolusi lebih rendah, sedangkan array CGH adalah metode sitogenetik molekuler yang sepenuhnya otomatis untuk menganalisis variasi jumlah salinan DNA sampel uji yang memiliki resolusi lebih tinggi.
CGH dan array CGH adalah dua teknik untuk mendeteksi variasi jumlah salinan pada individu. Variasi nomor salinan mengacu pada bagian genom yang berulang. Nomor salinan bervariasi antar individu. Variasi nomor salinan umumnya dikategorikan menjadi dua kelompok: pengulangan pendek dan pengulangan panjang. Salah satu contoh paling terkenal untuk variasi jumlah salinan pendek adalah pengulangan trinukleotida CAG dalam gen huntingtin. Hal ini menyebabkan gangguan neurologis yang disebut huntingtin. Contoh terbaik untuk variasi jumlah salinan berulang yang lama adalah gen alfa amilase, yang menyebabkan resistensi insulin. Variasi jumlah salinan dapat dideteksi dengan teknik seperti FISH, CGH, dan array CGH.
Apa itu CGH?
CGH adalah metode sitogenetik molekuler tradisional untuk menganalisis variasi jumlah salinan dalam DNA sampel uji dibandingkan dengan sampel referensi. Ini memiliki resolusi yang lebih rendah dibandingkan dengan teknik otomatis. Tujuan dari teknik ini adalah untuk secara cepat dan efisien membandingkan dua sampel DNA genom yang berasal dari sumber yang berbeda.
Gambar 01: CGH
Prosedur ini melibatkan isolasi DNA dari dua sumber: tes dan referensi. Kemudian langkah selanjutnya adalah pelabelan independen sampel DNA uji dan referensi dengan fluorofor warna berbeda. Kemudian, kedua sampel DNA tersebut didenaturasi untuk mendapatkan sampel DNA untai tunggal. Akhirnya, hibridisasi dari dua sampel DNA yang dihasilkan dalam rasio 1:1 terhadap penyebaran metafase normal dari kromosom dilakukan. Perbedaan kromosom dapat diidentifikasi antara dua sumber menggunakan mikroskop fluoresensi dan perangkat lunak komputer. Selain itu, teknik CGH hanya mampu mendeteksi kelainan kromosom yang tidak seimbang.
Apa itu Array CGH?
Array CGH adalah metode sitogenetik molekuler yang sepenuhnya otomatis untuk menganalisis variasi jumlah salinan dalam DNA sampel uji dibandingkan dengan sampel referensi. Ini memiliki resolusi yang lebih tinggi, dan dikembangkan untuk meminimalkan keterbatasan CGH tradisional. Array CGH menggabungkan prinsip-prinsip CGH dengan penggunaan microarray. Alih-alih menggunakan penyebaran kromosom metafase, metode ini menggunakan slide yang disusun dengan segmen kecil DNA sebagai target. Microarray ini dibuat dengan menyimpan dan melumpuhkan sejumlah kecil DNA (probe) pada penyangga kaca padat. Ukuran probe dapat bervariasi dari oligonukleotida hingga kromosom buatan bakteri.
Gambar 02: Array CGH
Terlepas dari probe, metode dasar array CGH mirip dengan CGH. Setelah probe yang mengandung microarray disiapkan, dua sampel DNA (pengujian dan referensi) yang diberi label dengan fluorofor warna berbeda dicampur bersama dan ditambahkan ke microarray. Karena DNA dalam sampel beruntai tunggal karena denaturasi, DNA ini berhibridisasi dengan probe beruntai tunggal yang tersusun. Dengan menggunakan sistem pencitraan digital, dimungkinkan untuk mengidentifikasi perbedaan kromosom antara kedua sumber.
Apa Persamaan Antara CGH dan Array CGH?
- CGH dan array CGH adalah dua teknik untuk mendeteksi variasi nomor salinan.
- Mereka adalah metode sitogenetik molekuler.
- Kedua metode mendiagnosis kelainan kromosom yang tidak seimbang.
- Fluorofor terlibat dalam kedua metode.
- Kedua metode tersebut dapat digunakan untuk mendeteksi kelainan genetik akibat variasi jumlah salinan.
- Mereka banyak digunakan dalam analisis genomik komparatif.
Apa Perbedaan Antara CGH dan Array CGH?
CGH adalah metode sitogenetik molekuler tradisional untuk menganalisis variasi jumlah salinan dalam DNA sampel uji yang memiliki resolusi lebih rendah, sedangkan array CGH adalah metode sitogenetik molekuler otomatis untuk menganalisis variasi nomor salinan dalam DNA sampel uji yang memiliki resolusi lebih tinggi. Jadi, inilah perbedaan utama antara CGH dan array CGH. Selanjutnya, dalam CGH, sampel DNA uji dan referensi berhibridisasi dengan penyebaran metafase normal dari kromosom, tetapi dalam CGH array, sampel DNA uji dan referensi berhibridisasi dengan probe DNA amobil yang mengandung microarray.
Infografik di bawah ini mencantumkan perbedaan antara CGH dan array CGH dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.
Ringkasan – CGH vs Array CGH
CGH dan array CGH adalah dua teknik sitogenetik molekuler untuk mendeteksi kelainan kromosom yang tidak seimbang. Mereka banyak digunakan dalam analisis genom komparatif. CGH adalah metode sitogenetik molekuler tradisional untuk menganalisis variasi jumlah salinan dalam DNA sampel uji yang memiliki resolusi lebih rendah. Sebaliknya, array CGH adalah metode sitogenetik molekuler yang sepenuhnya otomatis untuk menganalisis variasi jumlah salinan dalam DNA sampel uji yang memiliki resolusi lebih tinggi. Jadi, ini merangkum perbedaan antara CGH dan array CGH.
