Perbedaan utama antara fragmen Klenow dan DNA polimerase 1 adalah bahwa fragmen Klenow adalah sebagian besar DNA polimerase 1 yang tidak memiliki aktivitas eksonuklease 5′ hingga 3′ sedangkan DNA polimerase adalah enzim E. coli yang memiliki ketiganya domain termasuk aktivitas eksonuklease 5′ hingga 3′.
DNA polimerase adalah salah satu enzim kunci yang terlibat dalam replikasi DNA pada organisme hidup. Ada berbagai bentuk enzim DNA polimerase yang ditemukan pada eukariota dan prokariota berdasarkan ukuran dan bentuknya. DNA polimerase 1, 2 dan 3 hanya ditemukan pada organisme prokariotik, dan mereka memainkan peran yang berbeda dalam replikasi DNA. DNA polimerase 1 memiliki tiga domain dengan aktivitas 5′ hingga 3′ polimerase, aktivitas eksonuklease 3′ hingga 5′, dan aktivitas eksonuklease 5 hingga 3. Fragmen Klenow adalah produk proteolitik DNA polimerase 1. Fragmen ini memiliki aktivitas eksonuklease 5 hingga 3′ dan 3′ hingga 5′ dari DNA polimerase 1 yang utuh, tetapi tidak memiliki aktivitas eksonuklease 5 hingga 3′.
Apa itu Fragmen Klenow?
Fragmen Klenow adalah sebagian besar DNA polimerase 1. Tidak seperti DNA polimerase 1, aktivitas eksonuklease 5′ hingga 3′ tidak terlihat pada fragmen Klenow karena tidak memiliki domain eksonuklease maju 5′ hingga 3′. Fragmen Klenow diproduksi dengan mencerna DNA polimerase 1 dengan protease yang disebut subtilisin, yang merupakan enzim pencerna protein. Dalam beberapa aplikasi, aktivitas eksonuklease 3′ hingga 5′ dari fragmen Klenow menjadi tidak diinginkan. Itu dapat dihilangkan dengan memperkenalkan mutasi pada gen yang mengkodekan fragmen Klenow. Enzim yang dihasilkan yang hanya memiliki aktivitas polimerase 5′ hingga 3′ dikenal sebagai fragmen exo-Klenow. Secara morfologi, fragmen Klenow menyerupai tangan kanan manusia. Ia memiliki domain eksonuklease N-terminal 3′-5′ dan domain polimerase terminal-C yang dipisahkan oleh sekitar 30 A.
Gambar 01: Fragmen Klenow dan DNA Polimerase 1
Fragmen Klenow adalah alat penting dalam teknik biologi molekuler. Fragmen Klenow memiliki banyak kegunaan. Mereka sangat penting dalam kloning ujung tumpul untuk menghasilkan fragmen tumpul. Fragmen Klenow dapat menghilangkan 3′ overhang atau mengisi overhang 5′ untuk membentuk ujung tumpul. Selain itu, fragmen Klenow digunakan untuk mensintesis DNA untai ganda dari untai tunggal. Selanjutnya, mereka digunakan untuk menyiapkan probe berlabel radioaktif menggunakan aktivitas DNA polimerase bergantung DNA 5'to 3′.
Apa itu DNA Polimerase 1?
DNA polimerase 1 (Pol 1) adalah enzim yang ditemukan pada prokariota yang diperlukan untuk replikasi DNA bakteri. Ini adalah jenis DNA polimerase pertama yang ditemukan oleh Arthur Kornberg pada tahun 1956. Pol 1 adalah polimerase paling melimpah di E. coli. Ini dikodekan oleh gen polA dan terdiri dari 928 asam amino. Ini terdiri dari tiga domain. Ketiga domain memenuhi fungsi yang berbeda. Dua domain melakukan aktivitas eksonuklease 5′ hingga 3′ dan aktivitas eksonuklease 3′ hingga 5′. Karena aktivitas yang dimiliki oleh Pol 1 ini, ia lebih populer sebagai enzim perbaikan DNA daripada enzim replikasi DNA. Domain ketiga memiliki kemampuan untuk mengkatalisis beberapa polimerisasi (5′ hingga 3′) sebelum melepaskan DNA template dan menghubungkan fragmen Okazaki bersama-sama dengan mengisi DNA baru dan menghilangkan primer RNA.
Gambar 02: DNA Polimerase
Pol 1 yang diisolasi dari E Coli banyak digunakan dalam aplikasi molekuler. Namun, begitu Taq Polymerase ditemukan, ia menggantikan E Coli Pol 1 dalam teknologi PCR. Taq polimerase adalah jenis DNA polimerase termostabil milik Pol 1.
Apa Persamaan Antara Fragmen Klenow dan DNA Polimerase 1?
- Fragmen Klenow merupakan bagian terbesar dari DNA polimerase 1.
- Mereka memiliki aktivitas DNA polimerase DNA dependen 5' hingga 3' dan aktivitas eksonuklease 3' hingga 5' yang memediasi proofreading.
- Mereka digunakan untuk berbagai tujuan.
Apa Perbedaan Fragmen Klenow dan DNA Polimerase 1?
Perbedaan utama antara fragmen Klenow dan DNA polimerase 1 adalah bahwa fragmen Klenow tidak memiliki aktivitas eksonuklease 5′ hingga 3′ sedangkan DNA polimerase 1 memiliki aktivitas eksonuklease 5′ hingga 3′. Oleh karena itu, fragmen Klenow memiliki dua domain, sedangkan DNA polimerase 1 memiliki ketiga domain tersebut.
Infografik di bawah ini menunjukkan lebih detail perbedaan antara fragmen Klenow dan DNA polimerase 1.
Ringkasan – Fragmen Klenow vs DNA Polimerase 1
DNA polimerase 1 merupakan enzim E. coli yang memiliki tiga domain yaitu domain polimerisasi 5′ hingga 3′, domain eksonuklease 3′ hingga 5′, dan domain eksonuklease 5′ hingga 3′. Fragmen Klenow adalah sebagian besar DNA polimerase. Ia tidak memiliki satu domain DNA polimerase 1, yang merupakan domain exonuclease 5′ hingga 3′. Perbedaan utama antara fragmen Klenow dan DNA polimerase 1 adalah bahwa fragmen Klenow tidak memiliki domain eksonuklease 5′ hingga 3′ sedangkan DNA polimerase 1 memiliki domain eksonuklease 5′ hingga 3′.
