Perbedaan utama antara docking molekuler dan scoring adalah bahwa docking adalah teknik yang digunakan untuk menentukan afinitas pengikatan antara dua molekul sedangkan scoring adalah proses mengevaluasi pose tertentu dengan menghitung jumlah interaksi antarmolekul yang menguntungkan.
Istilah molekuler docking dan scoring digunakan dalam bidang pemodelan molekul. Pemodelan molekul adalah teknik yang digunakan untuk menentukan kemungkinan susunan molekul yang berbeda dalam suatu zat tertentu. Teknik ini penting dalam menciptakan senyawa baru yang stabil.
Apa itu Docking Molekuler?
Molecular docking adalah simulasi komputasi ligan kandidat yang mengikat reseptor. Metode ini memprediksi orientasi yang disukai dari satu molekul ke molekul lain ketika terikat satu sama lain untuk membentuk kompleks yang stabil. Hasil yang diperoleh dari teknik ini dapat digunakan untuk memprediksi kekuatan asosiasi atau afinitas ikatan antara dua molekul. Di sini, fungsi skor molekuler juga penting.
Gambar 01: Diagram Sederhana yang menunjukkan Proses Interaksi Molekul dalam Sistem Biologi
Umumnya, teknik ini mempertimbangkan molekul yang relevan secara biologis seperti protein, peptida, asam nukleat, karbohidrat, dan lipid. Molekul-molekul ini sangat penting, dan mereka memainkan peran penting dalam mekanisme transduksi sinyal dalam tubuh kita. Oleh karena itu, orientasi kedua molekul yang akan berikatan untuk proses transduksi sinyal ini mempengaruhi jenis sinyal yang dihasilkan di sini. Itu berarti; docking molekuler penting dalam menentukan kekuatan dan jenis sinyal yang dihasilkan selama transduksi sinyal dalam sistem biologis.
Selain itu, teknik molekuler docking penting dalam merancang obat berbasis struktur. Itu karena konformasi pengikatan molekul kecil seperti ligan ke situs pengikatan yang sesuai dapat diprediksi.
Apa itu Skor Molekuler?
Penskoran molekul adalah jenis fungsi matematika yang berguna dalam mengevaluasi kemajuan docking molekul. Dalam bidang kimia komputasi, fungsi skoring digunakan untuk memprediksi afinitas ikatan antara dua molekul setelah proses docking. Misalnya, jika kita memiliki molekul kecil dari partikel obat dan ada target biologis seperti protein, kita dapat mengevaluasi afinitas obat terhadap situs pengikatan. Selain itu, skor molekuler dapat digunakan untuk memprediksi interaksi antarmolekul antara dua protein atau antara protein dan molekul DNA.
Gambar 02: Fungsi Skoring Secara Singkat
Aplikasi utama penilaian molekuler adalah dalam proses perancangan obat-misalnya, penyaringan virtual, perancangan de novo, optimisasi timbal, dll.
Apa Perbedaan Antara Molecular Docking dan Scoring?
Molecular docking dan scoring penting dalam pemodelan molekul. Perbedaan utama antara docking molekuler dan scoring adalah bahwa docking adalah teknik yang digunakan untuk menentukan afinitas pengikatan antara dua molekul sedangkan scoring adalah proses mengevaluasi pose tertentu dengan menghitung jumlah interaksi antarmolekul yang menguntungkan.
Infografik berikut merangkum perbedaan antara docking molekuler dan scoring.
Ringkasan – Molecular Docking vs Scoring
Molecular docking dan scoring penting dalam pemodelan molekul. Perbedaan utama antara docking molekuler dan scoring adalah bahwa docking adalah teknik yang digunakan untuk menentukan afinitas pengikatan antara dua molekul sedangkan scoring adalah proses mengevaluasi pose tertentu dengan menghitung jumlah interaksi antarmolekul yang menguntungkan.
