Perbedaan utama antara primer acak dan oligo dT adalah bahwa primer acak adalah campuran dari semua urutan oligonukleotida heksamer yang mungkin, sedangkan primer oligo dT terdiri dari bentangan untai tunggal 12–18 deoxythymidines.
Transkripsi terbalik adalah mekanisme di mana cDNA dapat disintesis menggunakan mRNA atau spesies RNA apa pun. Untuk menghasilkan cDNA, enzim reverse transcriptase dan komponen lain yang diperlukan harus disediakan, terutama template dan primer. Primer adalah sekuens DNA pendek yang dirancang khusus untuk amplifikasi sekuens target. Primer acak dan primer oligo dT adalah dua jenis primer yang umum digunakan dalam transkripsi terbalik. Oleh karena itu, primer acak atau primer oligo dT adalah sekuens oligonukleotida DNA pendek yang diperlukan untuk transkriptase balik untuk memulai transkripsi balik. Tergantung pada template RNA, primer yang cocok dapat dipilih dari kedua jenis primer ini.
Apa itu Primer Acak?
Primer acak adalah campuran oligonukleotida yang mewakili semua urutan heksamer yang mungkin. Urutan primer primer acak adalah 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T atau C. Oleh karena itu, primer acak dapat digunakan untuk amplifikasi DNA untai tunggal atau RNA oleh DNA polimerase atau reverse transcriptase, masing-masing. Selain itu, campuran primer acak mampu mengamplifikasi semua daerah RNA untuk menghasilkan cDNA. Dengan demikian, ia menghasilkan berbagai panjang cDNA.
Gambar 01: Primer Acak
Yang terpenting, campuran primer acak tidak menunjukkan spesifisitas template. Ia tidak mampu membedakan mRNA dan spesies RNA lainnya. Dan, itu menyatu dengan spesies RNA apa pun dalam sampel. Namun, campuran primer acak cocok untuk transkripsi balik RNA tanpa ekor poli(A), seperti rRNA, tRNA, RNA non-coding, RNA kecil, mRNA prokariotik, dll., RNA terdegradasi, dan RNA dengan struktur sekunder yang diketahui.
Apa itu Oligo dT?
Oligo dT primer adalah rangkaian 12 – 18 deoxythymine (dT). Urutan primer dapat direpresentasikan sebagai 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Ini digunakan untuk produksi cDNA dari mRNA yang mengandung ekor poli(A). Pada dasarnya, ia bertindak sebagai primer untuk reaksi yang dikatalisis oleh reverse transcriptase. Selama transkripsi terbalik, primer oligo dT menyatu dengan ekor poli-adenilasi yang ditemukan pada ujung 3´ dari sebagian besar mRNA eukariotik dan memulai proses.
Gambar 02: Transkripsi Terbalik Menggunakan Oligo dT Primer
Tidak seperti primer acak, primer oligo dT tidak cocok untuk RNA terdegradasi atau RNA yang tidak memiliki ekor poli(A), termasuk RNA prokariotik dan mikroRNA.
Apa Persamaan Antara Primer Acak dan Oligo dT?
- Primer acak dan primer oligo dT adalah dua jenis primer yang digunakan dalam transkripsi balik dan pembuatan cDNA.
- Menggunakan primer acak dan primer oligo dT secara bersamaan meningkatkan sensitivitas sintesis cDNA.
- Mereka adalah urutan nukleotida pendek beruntai tunggal.
Apa Perbedaan Random Primer dan Oligo dT?
Primer acak adalah urutan oligonukleotida pendek yang terdiri dari urutan acak. Sementara itu, primer oligo dT adalah untaian pendek yang terdiri dari 12 hingga 18 deoksitimidin. Jadi, inilah perbedaan utama antara primer acak dan oligo dT. Urutan primer acak adalah 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T atau C. Sedangkan urutan primer oligo dT adalah 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Oleh karena itu, kita dapat menganggap ini sebagai perbedaan lain antara primer acak dan oligo dT.
Selain itu, primer acak tidak menunjukkan spesifisitas template, dan mereka menyatu dengan spesies RNA apa pun, sedangkan primer oligo dT menunjukkan spesifisitas untuk ekor poli(A) mRNA eukariotik.
Infografik di bawah ini merangkum perbedaan antara random primer dan oligo dT.
Ringkasan – Primer Acak vs Oligo dT
Primer acak dan primer oligo dT adalah dua jenis primer yang digunakan dalam sintesis cDNA. Primer acak terdiri dari campuran oligonukleotida, mewakili semua urutan heksamer yang mungkin, sedangkan primer oligo dT adalah urutan untai tunggal dari 12 hingga 18 deoksitimidin. Jadi, inilah perbedaan utama antara primer acak dan oligo dT. Selain itu, primer oligo dT berguna untuk transkripsi balik panjang penuh RNA dengan ekor poli(A), sedangkan primer acak berguna untuk transkripsi balik sebagian besar spesies RNA, termasuk RNA yang terdegradasi, RNA yang tidak memiliki ekor poli(A), dan RNA yang mengandung struktur sekunder. Oleh karena itu, primer acak tidak menunjukkan spesifisitas template sedangkan primer oligo dT menunjukkan spesifisitas terhadap mRNA eukariotik yang mengandung ekor poli(A).
