Perbedaan Kunci – PCR Primers vs Sequencing Primers
Dengan perkembangan terakhir di bidang biologi molekuler, teknik genetik yang berbeda dikembangkan yang membuat proses penyelidikan berbagai jalan subjek menjadi mudah dan akurat. PCR dan prosedur sekuensing lainnya adalah dua teknik penting tersebut. Mereka menggunakan subkomponen yang berbeda. Primer dianggap sebagai sub-komponen utama yang umum untuk teknik PCR dan Sequencing. Primer PCR digunakan untuk amplifikasi sekuens DNA tertentu sementara primer sekuensing digunakan dalam konteks sekuensing fragmen DNA dengan maksud untuk mengungkapkan urutan spesifik dari sekuens nukleotida. Inilah perbedaan utama antara primer PCR dan primer sequencing.
Apa itu PCR Primer?
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah teknik genetik yang digunakan dalam bidang biologi molekuler untuk mengamplifikasi satu atau beberapa salinan segmen DNA tertentu dan untuk mendapatkan jutaan salinan identik. Dalam reaksi PCR, komponen yang berbeda digunakan termasuk primer. Primer adalah untaian DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 membuatnya kompatibel dengan daerah awal dan akhir fragmen DNA yang akan diamplifikasi. Primer dapat berupa primer maju dan primer terbalik. Primer-primer ini mengikat fragmen DNA pada titik-titik tertentu di mana ia membuat DNA polimerase mengikat primer spesifik di lokasi tersebut dan memulai sintesis untai DNA baru.
Pemilihan primer merupakan aspek penting dalam proses PCR. Pemilihan panjang primer itu penting. Panjang idealnya adalah 18-25 nukleotida. Jika panjangnya terlalu pendek atau terlalu panjang, primer tidak akan mengikat sekuens DNA untuk diamplifikasi secara akurat. Primer yang terlalu pendek menyebabkan annealing primer non-spesifik pada lokasi yang berbeda dari sekuens DNA.
Gambar 01: PCR Primer
Kandungan Guanin dan Sitosin (GC) dalam primer yang baik harus berkisar antara 40-60. Suhu anil primer dan suhu leleh merupakan faktor penting selama PCR. Suhu leleh harus dihitung secara akurat, dan suhu anil primer harus 5 0C kurang dari suhu leleh. Suhu leleh harus 60 °C dan 75 °C. Suhu yang terlalu tinggi atau terlalu rendah akan mengakibatkan aktivitas DNA polimerase kurang aktif.
Apa itu Sequencing Primer?
Sequencing primer digunakan dalam konteks sekuensing fragmen DNA dengan maksud untuk mengungkapkan identitas spesifiknya. Untuk mendapatkan hasil pengurutan yang baik, primer dan template berkualitas tinggi adalah penting. Jadi, ketika primer dipilih, mereka harus unik untuk wilayah tertentu di mana kita ingin mengurutkannya. Itu juga harus dengan orientasi yang benar di mana urutan biasanya dihasilkan dari 3 'sampai 5' ujung primer. Urutannya harus tidak memiliki hibridisasi diri yang tidak diinginkan seperti pembentukan loop jepit rambut. Seharusnya tidak mengandung formasi berturut-turut basa Guanin.
Suhu leleh (Tm) primer harus sesuai dengan kondisi sekuensing. Oleh karena itu, ia harus berada di antara 52oC dan 74oC. Persiapan oligonukleotida yang akan digunakan sebagai primer harus dimurnikan untuk mendapatkan panjang sekuens yang diinginkan. Jika oligonukleotida mengandung pengotor, pensinyalan urutan primer akan ditumpangkan dari situs priming yang berbeda, dan itu juga akan mengurangi jumlah sel dasar.
Gambar 02: Sequencing Primer
Suhu leleh primer (Tm) oligonukleotida menentukan, seberapa kuat untai DNA komplementer dihibridisasi satu sama lain. Tm dapat dianggap sebagai perhitungan termodinamika yang bergantung pada urutan DNA dan beberapa kondisi seperti konsentrasi garam. Tm penting selama PCR di mana varian yang disebut sekuensing siklus digunakan untuk menghasilkan sekelompok fragmen yang diakhiri dideoksinukleotida. Di sini, primer yang diurutkan awalnya akan dianil secara alternatif, kemudian diperpanjang dan terakhir didenaturasi untuk amplifikasi. Oleh karena itu, nilai Tm harus berada di antara 52oC dan 74o C. Oligonukleotida yang disintesis dapat diperoleh dari laboratorium sintesis DNA/RNA sesuai pilihan. Sintesis skala kecil yang digunakan untuk sekuensing DNA biasanya 50 nmol. Juga yang paling penting primer yang digunakan untuk sequencing harus dimurnikan agar bebas dari kotoran yang akan mencegah penurunan kualitas.
Apa Persamaan Antara PCR Primer dan Sequencing Primer?
- Baik PCR Primer dan Sequencing Primers adalah primer yang digunakan dalam proses amplifikasi sekuens DNA target.
- Baik PCR Primer dan Sequencing Primers terdiri dari nukleotida.
- Baik Primer PCR dan Primer Sequencing adalah oligomer pendek.
Apa Perbedaan Primer PCR dan Primer Sequencing?
PCR Primers vs Sequencing Primers |
|
| Primer PCR adalah untaian DNA pendek dengan panjang urutan nukleotida 18-25 membuatnya kompatibel dengan bagian awal dan akhir dari fragmen DNA yang akan diamplifikasi. | Sequencing primers adalah oligomer pendek yang digunakan dalam konteks sekuensing sebuah fragmen DNA dengan maksud untuk mengungkapkan identitas spesifiknya. |
| Fungsi | |
| PCR primer digunakan untuk amplifikasi sekuens DNA tertentu. | Sequencing primer digunakan dalam konteks sekuensing sebuah fragmen DNA dengan maksud untuk mengungkapkan identitas spesifiknya. |
| Jumlah primer yang dibutuhkan | |
| Dua primer; satu primer maju dan satu primer mundur digunakan sebagai primer PCR. | Hanya membutuhkan satu primer sebagai primer sequencing. |
Ringkasan – PCR Primers vs Sequencing Primers
Sequencing primer digunakan dalam konteks sekuensing fragmen DNA dengan maksud untuk mengungkapkan identitas spesifiknya. Satu primer sequencing akan cukup untuk menjalankan proses. Untuk mendapatkan hasil pengurutan yang baik, primer dan template berkualitas tinggi adalah penting. Jadi, ketika primer dipilih, mereka harus unik untuk wilayah tertentu di mana kita ingin mengurutkannya. PCR Primer adalah untaian DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 yang kompatibel dengan daerah awal dan akhir fragmen DNA yang akan diamplifikasi. Primer PCR dapat berupa primer maju dan primer terbalik. Kandungan Guanin dan Sitosin (GC) dalam primer yang baik harus berada pada kisaran 40-60. Suhu anil primer dan suhu leleh merupakan aspek penting selama PCR. Inilah perbedaan antara primer PCR dan primer Sequencing.
