Perbedaan utama antara PCR konsensus dan pan PCR adalah bahwa PCR konsensus selalu menargetkan wilayah yang dilestarikan sedangkan Pan PCR menargetkan wilayah variabel untuk mengidentifikasi strain yang berbeda dari suatu kelompok
Polymerase chain reaction (PCR) adalah teknik amplifikasi gen yang terdiri dari tiga langkah utama yaitu denaturasi, annealing dan ekstensi. Ini banyak digunakan dalam diagnostik dan identifikasi molekuler. Teknik Consensus PCR dan Pan PCR didasarkan pada target primer yang digunakan setiap jenis PCR.
Apa itu PCR Konsensus?
Consensus PCR adalah teknik PCR yang menargetkan kawasan konservasi untuk spesies atau genera tertentu. Oleh karena itu, daerah yang sangat terkonservasi dipilih untuk amplifikasi. Melalui metode ini, organisme dapat diidentifikasi dan dibedakan berdasarkan konsensus mereka. Metode ini mengidentifikasi kawasan konservasi untuk spesies tertentu. Misalnya, wilayah 16s rRNA bakteri tetap menjadi wilayah yang dilestarikan di antara bakteri. Oleh karena itu, hanya satu set primer yang diperlukan untuk amplifikasi. Dalam kebanyakan kasus, primer universal yang spesifik dapat digunakan untuk wilayah yang dikonservasi.
Gambar 01: Teknik PCR
Dengan mengikuti metode PCR konsensus, karakterisasi spesies dan hubungan evolusioner dapat disimpulkan. Berdasarkan efisiensi amplifikasi organisme sampel tertentu, konsensus organisme terhadap kelompok juga dapat disimpulkan. Selanjutnya, melakukan PCR konsensus sangat penting dalam studi filogenetik. Ini memungkinkan identifikasi suatu spesies dan menafsirkan penyimpangan organisme tertentu yang ditunjukkan dalam kaitannya dengan nenek moyang yang sama.
Apa itu Pan PCR?
A Pan PCR adalah mode multiplexing dari PCR. Dalam teknik ini, strain yang berbeda diamplifikasi menggunakan berbagai target primer. Target, bagaimanapun, dapat menjadi target umum untuk kelompok strain. Dengan demikian, dalam Pan PCR, lebih dari dua set primer dapat digunakan pada satu waktu. Ini dapat terjadi dalam metode reaksi tabung tunggal atau sebagai metode reaksi multi-tabung. Pan PCR lebih memakan waktu dan lebih kompleks dibandingkan dengan PCR konsensus. Karena alasan ini, interpretasi hasil PCR mungkin juga lebih kompleks di Pan PCR.
Aplikasi utama Pan PCR adalah dalam diagnostik molekuler. Ini memungkinkan membedakan antara strain yang berbeda dari suatu spesies dengan amplifikasi target. Pan PCR adalah teknik yang ideal untuk mengidentifikasi strain yang berbeda dari satu spesies yang menyebabkan penyakit. Dalam kebanyakan kasus, otomatisasi teknik Pan PCR untuk berbagai kondisi kesehatan sangat penting dan merupakan teknik yang andal dan sangat efisien.
Apa Persamaan Antara Consensus PCR dan Pan PCR?
- Consensus PCR dan Pan PCR adalah dua jenis teknik PCR.
- Kedua prosedur mengikuti prosedur tiga langkah umum – denaturasi, anil dan ekstensi.
- Mereka menggunakan primer yang spesifik untuk target.
- Kedua reaksi berlangsung dalam siklus termal.
- Reaksi ini dapat diotomatisasi.
- Keduanya dapat digunakan dalam diagnostik dan identifikasi molekuler; namun akurasinya bervariasi.
- Prosedur ini memerlukan validasi.
Apa Perbedaan Antara Consensus PCR dan Pan PCR?
Consensus dan Pan PCR mengikuti prosedur rutin yang sama. Namun, perbedaan utama antara PCR konsensus dan Pan PCR didasarkan pada target primer yang digunakan setiap prosedur. Sementara PCR konsensus selalu menargetkan wilayah yang dikonservasi, Pan PCR menargetkan wilayah variabel untuk mengidentifikasi strain yang berbeda dari suatu kelompok. Karena perbedaan ini, protokol perancangan primer, jumlah set primer yang digunakan, dan aplikasi spesifik bervariasi.
Infografik di bawah ini merangkum perbedaan antara Consensus PCR dan Pan PCR.
Ringkasan – PCR Konsensus vs Pan PCR
PCR, diperkenalkan oleh Mulli, memainkan peran revolusioner penting dalam aplikasi biologi molekuler. Consensus dan Pan PCR adalah dua jenis PCR berdasarkan wilayah target primernya. Sementara konsensus PCR menargetkan wilayah yang dikonservasi, Pan PCR menargetkan wilayah variabel dan memainkan peran penting dalam identifikasi strain. Karena perbedaan mendasar antara PCR konsensus dan Pan PCR ini, fungsi spesifik dari setiap jenis PCR juga bervariasi dari analisis filogenetik hingga karakterisasi molekuler hingga diagnostik molekuler.
