Perbedaan utama antara clone by clone sequencing dan shotgun sequencing terletak pada metode perilakunya. Metode clone by clone sequencing melibatkan pemetaan kromosom dan kloning sebelum pengurutan sedangkan clone by shotgun sequencing menghilangkan pemetaan kromosom dan langkah kloning selama pengurutan.
Klon dengan sekuensing klon dan klon dengan sekuensing senapan adalah dua metode pengurutan genom modern. Clone by clone sequencing adalah metode pengurutan yang lebih andal. Namun, metode clone by shotgun sequencing lebih cepat dan murah. Artikel ini berfokus pada perbedaan halus antara pengurutan klon dengan pengurutan klon dan pengurutan senapan.
Apa itu Clone by Clone Sequencing?
Clone by clone sequencing adalah metode pengurutan genom. Ini membutuhkan pemetaan setiap kromosom sebelum pemisahan DNA. Setelah pemetaan, DNA harus dipecah menjadi fragmen sepanjang 150 kilobase. Fragmen-fragmen ini kemudian siap untuk diurutkan. Langkah selanjutnya adalah penyisipan fragmen DNA ke dalam Bakterial Artificial Chromosom (BACs) dan kemudian ke dalam sel bakteri. Karena fragmen sekarang berada di dalam sel bakteri, setiap kali bakteri membelah, fragmen DNA yang dimasukkan juga membelah dan menghasilkan banyak salinan yang identik. Kemudian, DNA klon bakteri individu terfragmentasi menjadi 500 fragmen panjang pasangan basa. Mereka adalah fragmen yang lebih kecil dan tumpang tindih. Selanjutnya, sekuensing terjadi dengan penyisipan fragmen-fragmen ini ke dalam vektor dengan urutan DNA yang diketahui. Dimulai dari urutan vektor yang diketahui, urutan berlanjut hingga urutan yang tidak diketahui.
Setelah menyelesaikan pengurutan, perlu untuk mengidentifikasi area dari barisan yang tumpang tindih. Setelah itu, penggabungan fragmen terjadi untuk membentuk fragmen yang lebih besar yang awalnya disajikan dalam BAC. Selanjutnya, perakitan fragmen yang lebih besar ke dalam kromosom berlangsung sesuai dengan peta genom.
Gambar 01: Pengurutan Klon demi Klon
Keuntungan yang signifikan dari klon dengan sekuensing klon adalah bahwa peta genom yang telah disiapkan sebelumnya membantu perakitan fragmen yang lebih besar yang andal. Namun, kelemahan dari metode sekuensing ini adalah memakan waktu lama untuk menghasilkan peta genom dan membuat klon. Namun, ini adalah metode yang disukai selama 'Proyek Genom Manusia'.
Apa itu Pengurutan Klon dengan Senapan?
Clone by shotgun sequencing adalah metode sekuensing yang secara acak memecah sekuens DNA menjadi banyak fragmen kecil dan menyusun kembali sekuens dengan mengamati daerah yang tumpang tindih. Genom mamalia yang lebih besar sulit untuk mengkloning urutan dan merakit. Ini karena kompleksitas dan ukuran struktural mereka. Meskipun metode clone by clone sequencing dapat diandalkan, dibutuhkan waktu yang lama untuk mengurutkan genom organisme kompleks. Oleh karena itu, pengurutan kloning dengan senapan telah menjadi metode pengurutan murah yang andal yang dapat dilakukan lebih cepat. Oleh karena itu, para ilmuwan modern mengandalkan metode pengurutan ini untuk menangani genom yang kompleks.
Gambar 02: Pengurutan Klon dengan Senapan
Selama kloning dengan metode sekuensing senapan, tidak ada pemetaan genom konvensional dan langkah kloning yang dilakukan. Awalnya, seluruh genom terfragmentasi menjadi berbagai ukuran dari 20 kilobase hingga 300 kilobase. Selanjutnya dilakukan pengurutan. Kemudian, dengan menggunakan perangkat lunak komputer yang canggih, perlu untuk merakit fragmen dengan melihat daerah yang tumpang tindih.
Klon dengan sekuensing senapan membantu meningkatkan akurasi sekuens genom yang ada. Keuntungan utama dari metode ini adalah jauh lebih cepat dan lebih murah daripada metode clone by clone sequencing. Namun, proses ini tidak melibatkan penggunaan peta genetik. Oleh karena itu, kesalahan selama perakitan lebih mungkin terjadi. Jadi, ini adalah kelemahan utama dalam mengkloning dengan metode pengurutan senapan.
Apa Persamaan Antara Pengurutan Klon dengan Pengurutan Senapan?
- Kedua klon dengan sekuensing klon dan sekuens senapan adalah dua metode sekuensing genom.
- Selama kedua teknik pengurutan, perakitan fragmen yang dipecah terjadi dengan mengidentifikasi wilayah yang tumpang tindih.
- Juga, pemecahan DNA menjadi fragmen yang lebih kecil diperlukan untuk pengurutan kloning dan shotgun.
Apa Perbedaan Antara Pengurutan Klon dengan Pengurutan Senapan?
Klon dengan teknik sekuensing klon melibatkan dua langkah utama: pemetaan kromosom dan kloning. Sebaliknya, pengurutan kloning dengan senapan tidak mengikuti dua langkah ini; itu secara acak memecah urutan DNA menjadi banyak fragmen kecil dan menyusun kembali urutan dengan mengamati daerah yang tumpang tindih. Oleh karena itu, ini adalah perbedaan utama antara pengurutan klon dengan pengurutan klon dan pengurutan senapan. Karena faktor ini, pengurutan kloning dengan kloning adalah proses yang mahal dan memakan waktu sementara pengurutan kloning dengan senapan lebih cepat dan lebih murah.
Namun, kesalahan selama perakitan cenderung terjadi selama kloning dengan mengkloning sekuensing. Oleh karena itu, ia memiliki keandalan yang tinggi. Namun, mengkloning dengan sekuensing senapan relatif merupakan teknik yang kurang dapat diandalkan. Jadi, ini juga merupakan perbedaan yang signifikan antara clone by clone sequencing dan shotgun sequencing.
Info-grafik di bawah ini menyajikan informasi lebih lanjut mengenai perbedaan antara pengurutan kloning dengan pengurutan kloning dan pengurutan senapan.
Ringkasan – Pengurutan Klon dengan Pengurutan Klon vs Urutan Senapan
Dalam meringkas perbedaan antara pengurutan klon dengan pengurutan klon dan pengurutan senapan, pengurutan klon dengan pengurutan klon dan pengurutan senapan adalah dua metode pengurutan genom. Namun, klon dengan teknik sekuensing klon melibatkan pemetaan genom dan proses kloning sementara kloning dengan sekuensing senapan tidak. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara pengurutan klon dengan pengurutan klon dan pengurutan senapan. Karena pemetaan genom terjadi selama klon dengan mengkloning sekuensing, kesalahan lebih kecil kemungkinannya terjadi selama perakitan sekuens. Tapi, mengkloning dengan sekuensing senapan adalah proses yang jauh lebih cepat dan lebih murah. Namun, itu relatif kurang dapat diandalkan. Pengurutan klon demi klon adalah metode pengurutan yang disukai selama 'Proyek Genom Manusia'. Tapi, ahli biologi molekuler modern lebih mengandalkan kloning dengan urutan shotgun.
