Perbedaan utama antara pengurutan senapan hierarkis dan seluruh genom adalah bahwa dalam pengurutan senapan hierarkis, genom dipecah menjadi fragmen yang lebih besar sebelum pengurutan sementara, dalam pengurutan senapan seluruh genom, seluruh genom dipecah menjadi fragmen kecil untuk pengurutan.
Sekuensing adalah teknik penting dalam proses molekuler, terutama dalam identifikasi spesies yang akurat. Faktanya, ini adalah teknik mengidentifikasi urutan nukleotida yang tepat dalam gen atau genom. Ada banyak teknik untuk pengurutan. Beberapa di antaranya termasuk Metode Maxam Gilbert, Metode Sanger dan metode Sanger otomatis.
Apa itu Urutan Hierarki Shotgun?
Pengurutan Senapan Hierarkis adalah salah satu metode pengurutan. Ini juga disebut 'pengurutan top-down'. Selanjutnya, metode ini terdiri dari dua langkah: langkah pertama adalah amplifikasi genom, dan langkah kedua adalah fragmentasi genom. Dalam metode ini, genom dipotong menjadi fragmen besar terlebih dahulu. Ini diikuti oleh kloning fragmen besar ini ke dalam berbagai inang menggunakan vektor atau kromosom buatan. Kemudian, vektor-vektor rekombinan ini disusun menjadi sebuah perpustakaan. Selama pengurutan senapan, klon vektor rekombinan menjalani pengurutan satu per satu. Fragmen dalam klon menjalani pencernaan restriksi untuk lebih mengurangi ukuran genom, sehingga menjalani sekuensing.
Gambar 01: Urutan Senapan Hierarki
Selama pengurutan senapan hierarkis, potongan besar fragmen harus diatur secara berurutan, sebelum pengurutan senapan. Itu terjadi dengan bantuan penanda molekuler yang digabungkan selama proses kloning.
Pengurutan senapan hierarkis membuat peta gen resolusi rendah. Tapi itu membuat peta urutan terurut. Dengan demikian, dibutuhkan durasi yang lebih lama dibandingkan direct sequencing. Seluruh proses tertunda karena pembuatan pustaka vektor rekombinan. Apakah itu juga merupakan teknik padat karya. Namun, saat ini teknik tersebut sudah otomatis untuk memudahkan pekerjaan.
Apa itu Urutan Senapan Senapan Genom Utuh?
Pengurutan senapan seluruh genom adalah proses pengurutan satu langkah. Dalam proses ini, pemotongan seluruh genom terjadi terlebih dahulu. Setelah ini, masing-masing fragmen kecil ini mengalami pengurutan secara acak. Setelah sekuensing selesai, analisis sekuens berlangsung. Selama analisis urutan, urutan yang tumpang tindih dihapus, dan analisis bukanlah proses yang teratur. Oleh karena itu, perakitan urutan adalah proses yang kurang efisien dibandingkan dengan urutan senapan hierarkis. Namun, proses sekuensing senapan seluruh genom lebih cepat, dan analisis seluruh genom dapat dilakukan dalam satu contoh.
Apa Persamaan Antara Urutan Shotgun Hierarkis dan Genom Utuh?
- Pengurutan senapan hierarkis dan seluruh genom adalah dua pendekatan pengurutan.
- Keduanya menjalani metode pengurutan Sanger atau pengurutan Sanger otomatis.
- Mereka terlibat dalam pengurutan fragmen DNA dan RNA.
- Selain itu, kedua metode ini penting dalam diagnostik molekuler dan tujuan penelitian.
- Saat ini, kedua teknik tersebut bersifat otomatis atau berbasis komputer.
- Kedua teknik bergantung pada fragmentasi genom.
Apa Perbedaan Antara Urutan Shotgun Hirarki dan Genom Utuh?
Pengurutan senapan hierarkis menghasilkan fragmen berukuran lebih besar dibandingkan dengan pengurutan senapan seluruh genom, yang bekerja dengan fragmen kecil dari urutan. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara urutan senapan hierarkis dan seluruh genom. Selain itu, urutan shotgun hierarkis terdiri dari dua langkah utama, sedangkan urutan senapan seluruh genom bergantung pada satu langkah utama.
Selanjutnya, perbedaan lain antara pengurutan senapan hierarkis dan seluruh genom adalah bahwa resolusinya lebih tinggi dalam pengurutan senapan seluruh genom dibandingkan dengan pengurutan senapan hierarkis.
Infografik di bawah ini merangkum perbedaan antara urutan senapan hierarkis dan genom keseluruhan.
Ringkasan – Urutan Senapan Hierarki vs Seluruh Genom
Sekuensing senapan hierarkis dan seluruh genom adalah dua teknik untuk mengurutkan genom besar. Urutan senapan hierarkis adalah proses pengurutan dua langkah di mana genom dipecah menjadi fragmen yang lebih besar. Sebaliknya, sekuensing senapan seluruh genom adalah sekuensing satu langkah di mana genom dipecah menjadi fragmen kecil dan langsung diurutkan. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara urutan senapan hierarkis dan seluruh genom. Selain itu, aspek teknis dapat berbeda di antara kedua teknik tersebut.
