Perbedaan Benzonase dan DNase

2024 Pengarang: Alex Aldridge | [email protected]. Terakhir diubah: 2023-12-17 13:42

Perbedaan Kunci – Benzonase vs DNase

Degradasi asam nukleat penting untuk banyak teknik biologi molekuler. Ini banyak digunakan dalam teknologi DNA rekombinan untuk menyingkirkan fragmen DNA dan RNA yang tidak diinginkan. Enzim pendegradasi asam nukleat disebut sebagai Nuklease, dan mereka dapat dari berbagai jenis berdasarkan fungsi yang diperlukan. Nuklease yang mendegradasi DNA dikenal sebagai DNase sedangkan yang mendegradasi RNA dikenal sebagai RNase. Enzim ini banyak digunakan dalam percobaan in vitro di mana tes molekuler in vitro dilakukan untuk mengisolasi DNA, RNA atau protein murni. Benzonase adalah jenis nuklease yang mendegradasi DNA dan RNA sedangkan DNase hanya mendegradasi DNA. Inilah perbedaan utama antara Benzonase dan DNase.

Apa itu Benzonase?

Benzonase adalah endonuklease hasil rekayasa genetika dari Serratia marcescens. Enzim ini diproduksi pada inang E. coli dalam skala industri. Benzonase mampu membelah DNA untai ganda, DNA linier, DNA sirkular dan RNA untai tunggal. Jadi Benzonase secara komersial penting. Enzim benzonase adalah dimer protein yang memiliki 245 asam amino identik, subunit ~30 kDa dengan dua ikatan disulfida esensial. Benzonase memotong asam nukleat pada ujung 5’ dan menghasilkan fragmen dengan ujung 5 bebas. Benzonase dapat membelah asam nukleat pada sembarang urutan tetapi lebih menyukai daerah yang kaya GC.

Benzonase disimpan di -20 ^{0C. PH optimum untuk aktivitas enzim ditemukan menjadi 8,0 – 9,2. Aplikasi Benzonase meliputi preparasi sampel untuk elektroforesis gel protein 2D di mana Benzonase menghilangkan asam nukleat terikat dan menghilangkan kontaminan asam nukleat dari preparat protein rekombinan. Ini juga digunakan untuk mengurangi viskositas ekstrak protein dan mencegah penggumpalan sel dalam campuran sel.}

Apa itu DNase?

DNase adalah nuklease, enzim hidrolitik yang hanya mampu membelah DNA untai ganda. Ada dua jenis utama DNase: DNase I dan DNase II. DNase I berpartisipasi dalam membelah DNA untai ganda untuk menghasilkan polinukleotida dengan ujung bebas 5 '. DNase II terlibat dalam pembelahan DNA untai ganda untuk menghasilkan untai polinukleotida dengan ujung bebas atau menggantung 3’.

DNase I

DNase I berfungsi pada pH optimum antara 7,0 – 8,0. Aktivitas enzim tergantung pada banyak kofaktor ionik yang meliputi, Ca²⁺, Mg²⁺ atau Mn^{2+Aktivitas Mg}2+ ^{dan Mn}2+ ^{menentukan fungsi DNase I. Dengan adanya Mg} 2+^{, DNase I memotong setiap untai dsDNA secara independen. Ini terjadi secara acak. Sebaliknya, dengan adanya Mn}2+, ^{enzim memotong kedua untai DNA di tempat yang kira-kira sama. Pembelahan ini akan menghasilkan dua jenis fragmen DNA; satu jenis dengan ujung tumpul dan jenis lain dengan satu atau dua nukleotida yang menggantung.}

Gambar 02: DNase

DNase II

DNase II berfungsi pada pH optimum 4,5-5,0 dan ion logam divalen diperlukan untuk aktivitasnya, mirip dengan DNase I. Mekanisme DNase II diketahui terdiri dari tiga langkah utama.

1. Beberapa untai tunggal putus diinduksi di dalam tulang punggung DNA.
2. Nukleotida larut asam dan oligonukleotida diproduksi.
3. Pergeseran hiperkromik non-linier terjadi pada fase terakhir.

Inhibitor utama enzim DNase termasuk chelator logam, logam transisi dan bahan kimia seperti Sodium dodecyl sulfate dan – mercaptoethanol.

Aplikasi utama DNase meliputi preparasi ekstrak RNA bebas DNA dan ekstrak protein, dan penghilangan template DNA selama percobaan transkripsi in vitro.

Apa Persamaan Benzonase dan DNase?

• Keduanya adalah enzim hidrolitik.
• Keduanya adalah nuklease.
• Keduanya berpartisipasi dengan memutus ikatan fosfodiester asam nukleat.
• Keduanya memerlukan pH dan suhu penyimpanan yang optimum untuk mempertahankan aktivitas enzim.
• Inhibitor enzim termasuk agen pengkelat, logam transisi, dan bahan kimia deterjen.
• Aplikasi terutama difokuskan untuk mendapatkan ekstrak DNA, RNA, dan protein dengan kemurnian tinggi.
• Kedua enzim dapat diproduksi melalui rekayasa genetika.

Apa Perbedaan Benzonase dan DNase?

Benzonase vs DNase
Benzonase adalah enzim yang mampu membelah DNA untai ganda, DNA linier, DNA sirkular, dan RNA.	DNase adalah enzim yang mampu membelah DNA untai ganda.
Substrat untuk Enzim
Baik DNA dan RNA adalah substrat untuk benzonase.	DNA adalah substrat untuk DNase.
Struktur
Rentang pH optimal Benzonase adalah 7,0 -8,0	Rentang pH optimum DNase I adalah 7,0 – 8,0 dan DNase II adalah 4,5 – 5,0.

Ringkasan – Benzonase vs DNase

Enzim nuklease banyak digunakan dalam berbagai prosedur eksperimen yang berkaitan dengan biologi molekuler dan rekayasa genetika. Benzonase dan DNase adalah dua jenis nuklease. Benzonase terlibat dalam mendegradasi DNA dan RNA sedangkan DNase terlibat dalam membelah DNA untai ganda. Ini adalah perbedaan mendasar antara benzonase dan DNase. Saat ini, kedua jenis nuklease tersebut diproduksi melalui teknologi DNA rekombinan yang menghasilkan enzim dengan kualitas lebih tinggi yang dioptimalkan untuk produksi maksimum.

Unduh Versi PDF Benzonase vs DNase

Anda dapat mengunduh versi PDF dari artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan offline sesuai catatan kutipan. Silakan unduh versi PDF di sini Perbedaan Antara Benzonase dan DNase