Perbedaan utama antara xylene cyanol dan bromophenol blue adalah pada gel agarosa 1%, xylene cyanol bermigrasi lebih lambat, sedangkan bromophenol blue bermigrasi lebih cepat.
Xylene cyanol dan bromophenol blue penting sebagai penanda warna yang dapat digunakan untuk memantau proses elektroforesis gel agarosa dan elektroforesis gel poliakrilamida.
Apa itu Xylene Cyanol?
Xylene cyanol adalah penanda warna elektroforesis atau pewarna pelacak. Berguna untuk memantau proses elektroforesis gel agarosa dan elektroforesis gel poliakrilamida. Ketika zat ini dicampur dengan sampel, konsentrasi zat ini biasanya menjadi sekitar 0.005% hingga 0,03%. Beberapa sinonim yang dapat kita gunakan untuk xylene cyanol antara lain Acid Blue 147, xylene cyanole, xylene cyanol FF, xylene cyanole FF, dll.
Rumus kimia senyawa ini adalah C25H27N2NaO 6S2 Massa molar xilena sianol adalah 538,61 g/mol. Zat ini dapat bermigrasi dengan kecepatan sekitar 4 – 5 kilobasa pasangan fragmen DNA dalam gel agarosa 1%. Namun, ini tergantung pada buffer yang kita gunakan. Biasanya, xilena sianol pada gel poliakrilamida 6% dapat bermigrasi dengan kecepatan sekitar 140 fragmen DNA pasangan basa. Di sisi lain, ia dapat bermigrasi dalam elektroforesis gel poliakrilamida denaturasi 20% pada laju oligonukleotida 25 basa.
Jumlah donor ikatan hidrogen dari xilena cyanol adalah 2m, dan jumlah akseptor ikatan hidrogen adalah 8. Jumlah ikatan yang dapat diputar dari senyawa ini dapat diberikan sebagai 7. Kompleksitas xilena cyanol dapat digambarkan sebagai 1120 derajat. Ini memiliki jumlah stereocenter ikatan yang ditentukan dari 1.
Apa itu Bromophenol Blue?
Bromophenol blue adalah indikator pH berguna yang berguna sebagai penanda warna elektroforesis dan pewarna. Ini memiliki nama kimia 3', 3", 5', 5"-tetrabromophenolsulfonphthalein, BPB. Rumus kimia senyawa ini adalah C19H10Br4O5 S. Massa molar senyawa ini adalah 669,96 g/mol. Tidak berbau, dan densitasnya dapat diberikan sebagai 2,2 g/mL. Titik lelehnya adalah 273 derajat Celcius, dan titik didihnya adalah 279 derajat Celcius. Kita dapat menyiapkannya dengan menambahkan bromin berlebih secara perlahan ke dalam larutan panas fenolsulfonftalein dalam asam asetat glasial.
Bromophenol blue berguna sebagai indikator asam basa pada kisaran pH 3,0 hingga 4,6. Dapat berubah dari kuning pada pH 3,0 menjadi pH 4,6. Selain itu, ini adalah reaksi reversibel. Secara struktural, bromofenol biru mirip dengan fenolftalein.
Selain itu, dapat digunakan sebagai penanda warna untuk memantau proses elektroforesis gel agarosa dan elektroforesis gel poliakrilamida. Zat ini dapat membawa muatan negatif pada pH sedang, di mana ia dapat bermigrasi ke arah yang sama dengan DNA atau protein dalam gel. Laju migrasi dapat bervariasi sesuai dengan kepadatan gel dan komposisi buffer. Namun, dalam gel agarosa 1% khas dalam 1 kali buffer TAE atau buffer TBE, zat ini bermigrasi dengan kecepatan yang sama seperti fragmen DNA sekitar 300 pasangan basa.
Apa Perbedaan Antara Xylene Cyanol dan Bromophenol Blue?
Xylene cyanol dan bromophenol blue adalah penanda warna yang penting. Perbedaan utama antara xylene cyanol dan bromophenol blue adalah bahwa dalam gel agarosa 1%, xylene cyanol bermigrasi lebih lambat, sedangkan bromophenol blue bermigrasi lebih cepat.
Di bawah ini adalah ringkasan perbedaan antara xylene cyanol dan bromophenol blue dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.
Ringkasan – Xylene Cyanol vs Bromophenol Blue
Xylene cyanol dan bromophenol blue penting sebagai penanda warna yang digunakan dalam memantau proses elektroforesis gel agarosa dan elektroforesis gel poliakrilamida. Perbedaan utama antara xylene cyanol dan bromophenol blue adalah bahwa dalam gel agarosa 1%, xylene cyanol bermigrasi lebih lambat sedangkan bromophenol blue bermigrasi lebih cepat.
