Perbedaan utama antara metagenomik dan metatranskriptomik bergantung pada jenis biomolekul yang dipelajari di setiap area. Metagenomik mempelajari DNA, urutannya dan perilakunya dalam organisme, sedangkan metatranskriptomik mempelajari DNA yang ditranskripsi, terutama urutan mRNA dan perilakunya dalam organisme.
Metagenomics dan metatransscriptomics adalah dua bidang yang telah mendapatkan banyak popularitas selama bertahun-tahun dalam kaitannya dengan komunitas mikroba. Mereka penting dalam perawatan kesehatan, industri dan bioteknologi pertanian. Baik metagenomik dan metatranskriptomik memungkinkan studi organisme individu dalam suatu komunitas dan peran fungsionalnya yang menguntungkan atau merugikan.
Apa itu Metagenomics?
Metagenomics adalah bidang studi yang mendalami Deoxyribonucleic acid (DNA). Hal ini paling relevan dengan komunitas mikroba. Juga, ini adalah bidang yang lebih maju dibandingkan dengan genomik. Dalam genomik, analisis DNA organisme tertentu terjadi. Namun, metagenomik melibatkan analisis materi genetik di seluruh komunitas organisme. Dengan demikian, ini memungkinkan mempelajari perilaku komunitas organisme yang berkaitan dengan satu kondisi atau satu lingkungan.
Gambar 01: Metagenomics
Teknik utama yang terlibat dalam studi metagenomik adalah Next Generation Sequencing (NGS) yang menggunakan teknologi micro-array. Metode NGS dapat menganalisis beberapa organisme dalam satu reaksi untuk ada atau tidak adanya urutan DNA tertentu. Urutan DNA ini mungkin bertanggung jawab untuk kondisi penyakit tunggal atau kondisi lingkungan. Oleh karena itu, dengan menggunakan pengetahuan metagenomik, skrining organisme dapat dilakukan dengan mudah dan akurat. Pengurutan selama NGS berlangsung dalam pembacaan singkat dan pembuatan profil DNA organisme berlangsung. Urutan DNA 16s adalah urutan populer yang dipelajari dalam metagenomik tentang mikroorganisme.
Mengikuti urutan komunitas organisme, penyelarasan urutan harus dilakukan. Alat seperti alat Urutan Keselarasan Lokal Dasar (BLAST) digunakan untuk memenuhi tugas penyelarasan. Setelah penyelarasan, pohon filogenetik memberikan hubungan setiap organisme dalam komunitas dan detail tentang perilakunya.
Apa itu Metatranskriptomik?
Metatranscriptomics adalah bidang studi yang berhubungan dengan transkriptom suatu organisme. Transkriptom merupakan seluruh urutan RNA yang ditranskripsi selama transkripsi DNA. Urutan mRNA yang ada dalam transkriptom memberikan informasi tentang ekspresi genetik. Metatranskriptomik adalah analisis beberapa transkriptom lintas populasi atau komunitas.
Gambar 02: Analisis Transkriptome
Studi Metatranskriptomik juga menggunakan teknologi microarray untuk menemukan urutan dari urutan bacaan pendek. Selain itu, metatranskriptomik juga melibatkan analisis bioinformatika menyeluruh menggunakan alat penyelarasan dan metode perancangan pohon. Namun, bidang metatranskriptomik jauh lebih sulit dibandingkan dengan metagenomik. Ekstraksi mRNA atau RNA secara keseluruhan tidak semudah kelihatannya. Karena RNA sangat rentan terhadap kerusakan dan memiliki waktu hidup yang sangat singkat, pemeliharaan dan penyimpanan ini bisa menjadi pertanyaan yang mungkin.
Apa Persamaan Antara Metagenomics dan Metatransscriptomics?
- Metagenomik dan metatranskriptomik adalah teknik throughput tinggi untuk menganalisis komunitas organisme, terutama komunitas mikroba.
- Kedua teknik menggunakan teknologi microarray untuk menyimpulkan temuan.
- Hasil yang diperoleh sering dianalisis menggunakan BLAST alignment dan pohon filogenetik.
- Selain itu, kedua teknik tersebut tidak berfokus pada satu organisme, tetapi pada organisme kelompok atau komunitas.
- Selain itu, kedua konsep tersebut juga dipelajari sebagian besar dalam kaitannya dengan mikroba – alasan utamanya adalah peran mereka yang beragam.
Apa Perbedaan Metagenomik dan Metatranskriptomik?
Metagenomik dan Metatranskriptomik melibatkan analisis materi genetik dalam komunitas organisme. Dengan demikian, metagenomik menyangkut pola dan urutan DNA sedangkan metatranskriptomik mengacu pada analisis mRNA atau DNA yang ditranskripsi. Jadi, inilah perbedaan utama antara metagenomik dan metatranskriptomik.
Selain itu, prosedur ekstraksi kedua teknik berbeda; metagenomics melibatkan prosedur ekstraksi DNA dan metatransscriptomics melibatkan prosedur ekstraksi RNA. Oleh karena itu, ini juga merupakan perbedaan yang signifikan antara metagenomik dan metatranskriptomik.
Infografik di bawah ini merangkum perbedaan antara metagenomik dan metatranskriptomik:
Ringkasan – Metagenomik vs Metatranskriptomik
Metagenomik dan metatranskriptomik adalah bidang studi baru yang menganalisis komunitas organisme untuk kondisi tertentu. Dengan demikian, metagenomics mengacu pada analisis urutan DNA. Sebaliknya, metatranskriptomik mengacu pada analisis urutan RNA atau produk DNA yang ditranskripsi. Dalam hal ini, metatranskriptomik memungkinkan identifikasi ekspresi gen untuk kasus tertentu. Keduanya penting dalam menganalisis mutasi dan efeknya. Ini adalah teknik yang cepat dan lebih dapat diandalkan yang digunakan dalam diagnosis dini. Jadi, inilah ringkasan perbedaan antara metagenomik dan metatranskriptomik.
