Perbedaan utama antara crRNA tracrRNA dan gRNA adalah bahwa crRNA adalah salah satu dari dua jenis RNA CRISPR, yang melengkapi urutan DNA target, sedangkan tracrRNA adalah jenis kedua RNA CRISPR, yang berfungsi sebagai perancah pengikat untuk nuklease Cas dan gRNA adalah salah satu dari dua komponen utama sistem bakteri dan archaea CRISPR-Cas9 yang mengenali DNA target dan memandu protein Cas untuk membuat pemutusan untai ganda pada DNA target.
CRISPR adalah singkatan dari clustered regular interspersed short palindromic repeats. Ini adalah salah satu sistem kekebalan pada bakteri dan archaea. Bakteri dan archaea menggunakan sistem ini untuk melindungi diri dari patogen virus. Ini adalah salah satu mekanisme paling menakjubkan yang melibatkan modifikasi genetik yang sukses. Mekanisme ini (CRISPR-Cas9) digunakan sebagai alat pengeditan gen baru dalam Bioteknologi. Ini telah membawa kemajuan baru bagi bioteknologi, khususnya di bidang rekayasa genetika.
Ada dua komponen utama sistem CRISPR-Cas9. Mereka adalah nuklease RNA pemandu (gRNA) dan terkait CRISPR (Cas). Panduan RNA adalah urutan RNA spesifik yang memandu protein Cas untuk membelah DNA target. Guide RNA terdiri dari dua jenis RNA. Mereka adalah crispr RNA (crRNA) dan tracrRNA. Nuklease terkait-CRISPR (Cas) adalah endonuklease non-spesifik yang membuat pemutusan untai ganda pada DNA target. Dengan membuat pemutusan untai ganda pada DNA target, bakteri dan archaea mengarahkan mekanisme perbaikan endogen mereka untuk menonaktifkan DNA virus.
Apa itu crRNA?
crRNA atau Crispr RNA adalah salah satu dari dua jenis RNA pemandu. Secara struktural, ini adalah urutan nukleotida 17-20. Fitur yang paling berharga dari crRNA adalah komplementer dengan DNA target. Oleh karena itu, crRNA cocok dengan urutan DNA virus. Spesifisitas sistem CRISPR-Cas 9 bergantung pada crRNA. Pada bakteri, crRNA ada yang menyatu dengan urutan tracrRNA, yang merupakan tipe kedua dari CRISPR RNA. produksi crRNA dipicu oleh paparan ulang bakteri ke virus. Saat terpapar, transkripsi gen yang mengkode crRNA terjadi. Kemudian, mekanisme pertahanan terhadap virus dimulai.
Gambar 01: Sistem CRISPR-Cas9
Apa itu tracrRNA?
Trans-activating crRNA atau tracrRNA adalah bagian kedua dari guideRNA atau CRISPR RNA. Ini diucapkan sebagai RNA pelacak. tracrRNA berfungsi sebagai perancah pengikat untuk protein Cas 9 endonuklease. Dengan kata lain, tracrRNA berfungsi sebagai pegangan untuk memandu Cas9 menuju DNA target. Secara struktural, tracrRNA memiliki 42 nukleotida. Itu ada dikombinasikan dengan crRNA.
Apa itu gRNA?
Guide RNA atau gRNA adalah salah satu dari dua komponen utama sistem kekebalan CRISPR-Cas9. Ini adalah urutan RNA spesifik yang terdiri dari dua elemen: crRNA dan tracrRNA. gRNA mengenali DNA target dan mengarahkan protein Cas untuk membuat pemutusan untai ganda pada DNA target. Untuk melakukannya, crRNA terdiri dari urutan pelengkap DNA target sementara tracrRNA memandu protein Cas bekerja sebagai pegangan.
Gambar 02: gRNA
Merancang gRNA yang benar adalah langkah penting dalam alat pengeditan gen CRISPR-Cas9. Oleh karena itu, keberhasilan dan efisiensi pengeditan sistem CRISPR bergantung pada urutan gRNA yang benar. gRNA dapat diekspresikan dalam sel dari plasmid yang ditransfeksi. Ketika kloning plasmid dimasukkan ke dalam sel, sel inang menghasilkan gRNA. GRNA yang paling umum dihasilkan terdiri dari 100 pasangan basa.
Apa Persamaan Antara crRNA tracrRNA dan gRNA?
- crRNA, tracrRNA dan gRNA adalah urutan RNA yang ditemukan pada bakteri dan archaea.
- Mereka semua milik sistem CRISPR.
- gRNA terbuat dari crRNA dan tracrRNA.
- Mereka terlibat dalam mengenali DNA bakteriofag dan memandu endonuklease menuju DNA target.
- Oleh karena itu, ketiga jenis RNA terlibat dalam mengarahkan nuklease Cas9 untuk membuat pemutusan untai ganda dalam menyerang materi genetik asing.
- Keberhasilan percobaan CRISPR bergantung pada ketiga jenis RNA.
Apa Perbedaan Antara crRNA tracrRNA dan gRNA?
crRNA adalah bagian dari gRNA CRISPR yang melengkapi DNA target, sedangkan tracrRNA adalah bagian kedua dari gRNA, yang berfungsi sebagai perancah pengikat untuk nuklease Cas.gRNA adalah kombinasi dari crRNA dan tracrRNA, dan merupakan salah satu dari dua komponen sistem CRISPR-Cas9, yang mengenali DNA target dan memandu nuklease untuk membuat pemutusan untai ganda pada DNA target. Jadi, inilah perbedaan utama antara crRNA tracrRNA dan gRNA.
Tabel berikut merangkum perbedaan antara crRNA tracrRNA dan gRNA.
Ringkasan – crRNA vs tracrRNA vs gRNA
Sistem CRISPR-Cas9 adalah sistem kekebalan bakteri dan archaea. Sistem ini digunakan sebagai alat pengeditan gen dalam Bioteknologi. CRISPR terdiri dari dua jenis RNA, yaitu CRISPR RNA (crRNA) dan CRISPR RNA transactivating (tracrRNA). Mereka secara kolektif dikenal sebagai guideRNA atau gRNA. RNA ini mengenali urutan target patogen yang menyerang dan memandu endonuklease untuk membuat pemutusan untai ganda pada DNA target. Setelah pemutusan untai ganda dibuat dalam bahan genetik asing, mekanisme perbaikan endogen (penggabungan ujung nonhomolog; NHEJ) menonaktifkan DNA asing dengan memperkenalkan mutasi. Jadi, ini merangkum perbedaan antara crRNA tracrRNA dan gRNA.
