Perbedaan utama antara ITS1 dan ITS2 adalah bahwa ITS1 adalah DNA spacer yang terletak antara gen rRNA 18S dan 5,8S pada eukariota, sedangkan ITS2 adalah DNA spacer yang terletak di antara gen rRNA 5.8S dan 28S pada eukariota.
Internal transscribed spacer (ITS) adalah DNA spacer yang biasanya terletak di antara RNA ribosom subunit kecil dan gen RNA ribosom subunit besar dalam kromosom atau di daerah transkripsi yang sesuai dalam molekul transkrip prekursor rRNA polikistronik. Pada bakteri dan archaea, hanya ada satu ITS antara gen 16S dan 23S rRNA. Namun pada eukariota, ada dua DNA spacer ITS: ITS1 (antara 18S dan 5.gen 8S rRNA) dan ITS2 (antara 5.8S dan 28S rRNA). Oleh karena itu, ITS1 dan ITS2 adalah dua DNA spacer yang ditemukan di antara gen rRNA pada eukariota.
Apa itu ITS1?
ITS1 adalah DNA spacer yang terletak di antara gen rRNA 18S dan 5.8S pada eukariota. ITS mengacu pada sepotong DNA spacer nonfungsional yang terletak di antara gen rRNA. ITS1 memiliki variasi panjang yang lebih besar dari ITS2. Variasi panjang ITS1 adalah sekitar (200-300bp). Penanda ITS seperti ITS1 telah membuktikan efisiensinya dalam menjelaskan hubungan filogenetik antara taksa yang berbeda. Selain itu, DNA spacer ITS1 kurang terkonservasi dibandingkan DNA spacer ITS2. Struktur ITS1 hanya dilestarikan dalam unit taksonomi yang jauh lebih kecil. Setiap cluster ribosom eukariotik juga mengandung daerah yang disebut spacer transkripsi eksternal (5' dan 3' ETS).
Gambar 01: Wilayah ITS1
DNA spacer ITS1 sangat dekat dengan spacer transkripsi 5'eksternal (5' ETS). Selanjutnya, jika ada yang ingin mengamplifikasi wilayah ITS1 untuk studi hubungan filogenetik, mereka harus menggunakan pasangan primer tertentu (primer reverse dan forward) untuk tujuan ini. Untuk memperkuat wilayah ITS1, dua set primer biasanya digunakan dalam protokol PCR laboratorium. Mereka adalah ITS1 maju dan ITS2 mundur atau ITS1 maju dan ITS4 mundur.
Apa itu ITS2?
ITS2 adalah DNA spacer yang terletak di antara gen rRNA 5,8S dan 28S pada eukariota. Wilayah ITS2 memiliki variasi panjang yang lebih pendek dibandingkan wilayah ITS1. Variasi panjang ITS2 kira-kira (180-240bp). Namun, wilayah ITS2 lebih terkonservasi daripada wilayah ITS1 di banyak unit taksonomi. Ini mengidentifikasi bahwa semua urutan ITS2 berbagi inti umum dari struktur sekunder. Selain itu, 40% wilayah ITS2 dilestarikan di antara semua angiospermae, sementara dimungkinkan untuk menyelaraskan 50% wilayah ITS2 di seluruh keluarga dan tingkat yang lebih tinggi.
Gambar 02: Wilayah ITS2
Terlepas dari ruang lingkup konservasi, penggunaan wilayah ITS2 juga sangat populer seperti wilayah ITS1 dalam studi hubungan filogenetik, terutama dalam pengkodean DNA jamur. Untuk memperkuat wilayah ITS2, satu set primer spesifik umumnya digunakan dalam protokol PCR laboratorium. Yaitu ITS1 foward dan ITS4 reverse. Tetapi ketika protokol PCR menggunakan set primer ini, ia juga memperkuat wilayah ITS1 bersama-sama dengan wilayah ITS2. Selanjutnya, DNA spacer ITS2 sangat dekat dengan 3'external transscribed spacer (3' ETS).
Persamaan Antara ITS1 dan ITS2
- ITS1 dan ITS2 adalah dua DNA spacer yang terletak di antara gen rRNA.
- Mereka hanya ada di eukariota.
- Keduanya dapat diperkuat dengan menggunakan pasangan primer tertentu.
- Keduanya dipotong dalam pematangan rRNA sebagai produk sampingan non-fungsional.
- Keduanya sangat penting untuk studi hubungan filogenetik, terutama dalam kode batang DNA jamur.
Perbedaan ITS1 dan ITS2
ITS1 adalah DNA spacer yang ada antara gen rRNA 18S dan 5,8S pada eukariota sedangkan ITS2 adalah DNA spacer yang terletak di antara gen rRNA 5.8S dan 28S pada eukariota. Jadi, inilah perbedaan utama antara ITS1 dan ITS2. Selanjutnya, ITS1 memiliki variasi panjang yang lebih besar dibandingkan dengan ITS2. Di sisi lain, ITS2 memiliki variasi panjang yang lebih pendek dibandingkan dengan ITS1. Ini adalah perbedaan lain antara ITS1 dan ITS2.
Infografik di bawah ini mencantumkan perbedaan antara ITS1 dan ITS2 dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.
Ringkasan – ITS1 vs ITS2
Internal transscribed region (ITS) adalah bagian non-fungsional dari DNA spacer yang terletak di antara gen rRNA. Pada bakteri dan archaea, hanya ada satu wilayah ITS. Namun pada eukariota, ada dua wilayah ITS: ITS1 dan ITS2. ITS1 adalah DNA spacer yang terletak di antara gen rRNA 18S dan 5.8S pada eukariota, sedangkan ITS2 adalah DNA spacer yang terletak di antara gen rRNA 5.8S dan 28S pada eukariota. Demikian rangkuman perbedaan ITS1 dan ITS2.
