Perbedaan utama antara BLAST dan FastA adalah bahwa BLAST adalah alat penyelarasan dasar yang tersedia di situs web National Center for Biotechnology Information sedangkan FastA adalah alat pencarian kesamaan yang tersedia di situs web European Bioinformatics Institute.
BLAST dan FastA adalah dua perangkat lunak yang banyak digunakan untuk membandingkan urutan biologis DNA, asam amino, protein, dan nukleotida dari spesies yang berbeda dan mencari kesamaannya. Algoritma ini ditulis dengan mengingat kecepatan. Karena, ketika para ilmuwan mampu mengisolasi DNA di laboratorium pada pertengahan 1980-an, muncul kebutuhan untuk membandingkan dan menemukan gen identik untuk penelitian lebih lanjut dengan kecepatan tinggi. Oleh karena itu, kedua perangkat lunak ini dikembangkan sedemikian rupa sehingga pengguna dapat melakukan pencarian cepat dari urutan yang sama dengan urutan kueri mereka.
BLAST adalah singkatan dari Basic Local Alignment Search Tool dan menggunakan pendekatan lokal dalam membandingkan dua urutan. FastA adalah perangkat lunak yang mengacu pada Fast A di mana A adalah singkatan dari All. Di sini, perangkat lunak bekerja dengan alfabet seperti Fast A untuk pengurutan DNA dan Fast P untuk protein. Baik BLAST dan FastA sangat cepat dalam membandingkan database genom apa pun dan, oleh karena itu, sangat layak secara moneter serta menghemat waktu.
Apa itu BLAST?
BLAST adalah salah satu perangkat lunak bioinformatika yang paling banyak digunakan yang dikembangkan pada tahun 1990. Sejak itu, tersedia untuk semua orang di situs NCBI. Selanjutnya, setiap orang dapat mengakses perangkat lunak ini dan menggunakannya. Selain itu, BLAST adalah perangkat lunak yang membutuhkan input data atau urutan dalam format FastA. Tapi, itu memberikan data output dalam format teks biasa, HTML, atau XML. BLAST bekerja berdasarkan prinsip mencari kesamaan lokal antara dua urutan dan membuat daftar pendek urutan yang serupa, dan setelah itu, mencari kesamaan lingkungan.
Gambar 01: Hasil BLAST
Dengan demikian, perangkat lunak ini mencari sejumlah besar wilayah lokal yang serupa dan memberikan hasil untuk mencapai nilai ambang batas. Namun, proses ini berbeda dari perangkat lunak sebelumnya, yang mencari seluruh urutan terlebih dahulu dan kemudian melakukan perbandingan, dan karenanya, membutuhkan banyak waktu.
Selain pemeriksaan kesamaan di atas, BLAST memiliki banyak kegunaan lain seperti pemetaan DNA, membandingkan dua gen identik pada spesies yang berbeda, membuat pohon filogenetik, dll.
Apa itu FastA?
FastA adalah perangkat lunak penyelarasan urutan protein. David J. Lipman dan William R. Pearson menjelaskan perangkat lunak ini pada tahun 1985. Meskipun penggunaan awal perangkat lunak ini adalah untuk membandingkan urutan protein saja, versi modifikasinya dapat membandingkan urutan DNA juga. Di sini, perangkat lunak ini menggunakan prinsip menemukan kesamaan antara dua urutan secara statistik. Ini mencocokkan satu urutan DNA atau protein dengan urutan lain dengan metode penyelarasan urutan lokal.
Gambar 02: FastA
Namun, ia mencari daerah lokal untuk kesamaan, tetapi bukan yang paling cocok antara dua urutan. Karena perangkat lunak ini terkadang membandingkan kesamaan yang dilokalkan, perangkat lunak ini juga dapat memunculkan ketidakcocokan. Dalam suatu urutan, FastA mengambil bagian kecil yang dikenal sebagai k-tupel, di mana tupel dapat dari 1 sampai 6 dan cocok dengan k-tupel dari urutan lainnya. Di akhir proses pencocokan, ketika mencapai nilai ambang batas, itu menghasilkan hasil.
Apa Persamaan Antara BLAST dan FastA?
- BLAST dan FastA adalah alat bioinformatika yang digunakan untuk membandingkan urutan protein dan DNA untuk kesamaan.
- Juga, kedua program menggunakan strategi penilaian untuk membuat perbandingan antara urutan.
- Selanjutnya, kedua alat menghasilkan hasil yang sangat akurat.
Apa Perbedaan Antara BLAST dan FastA?
BLAST adalah alat untuk memeriksa kesamaan antara sekuens biologis. Di sisi lain, FastA adalah program lain yang memfasilitasi pemeriksaan kesamaan urutan protein dan DNA. Namun, dibandingkan dengan FastA, perangkat lunak BLAST sangat populer karena menghasilkan hasil yang lebih akurat dan cepat. Oleh karena itu, inilah perbedaan antara BLAST dan FastA. Selain itu, tidak seperti FastA, program BLAST dapat dimodifikasi sesuai dengan kebutuhan pengguna. Oleh karena itu, ini adalah perbedaan lain antara BLAST dan FastA.
Infografik di bawah tentang perbedaan antara BLAST dan FastA memberikan rincian lebih lanjut.
Ringkasan – BLAST vs FastA
BLAST dan FastA adalah dua program yang memungkinkan pengguna untuk membandingkan urutan kuerinya dengan urutan dalam database yang ada dan memeriksa kesamaannya. Tujuan awal FastA adalah untuk membandingkan hanya sekuens protein. Namun, versi modifikasi dari perangkat lunak ini memfasilitasi perbandingan urutan protein dan DNA. Meskipun FastA adalah perangkat lunak yang baik, kebanyakan orang menggunakan alat penyelarasan BLAST karena lebih populer dan menghasilkan hasil yang lebih akurat dan cepat daripada FastA. Juga, alat BLAST dapat dimodifikasi sesuai dengan kebutuhan pengguna. Singkatnya, ini merangkum perbedaan antara BLAST dan FastA.
