Perbedaan Kunci – RAPD vs RFLP
Penanda genetik digunakan dalam Biologi Molekuler untuk mengidentifikasi variasi genetik antara individu dan spesies. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dan Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) adalah dua penanda molekuler penting yang secara rutin digunakan di laboratorium. RAPD dilakukan dengan primer oligonukleotida pendek dan sewenang-wenang, dan didasarkan pada amplifikasi acak dari beberapa lokasi di seluruh DNA templat organisme. RFLP dilakukan dengan endonuklease restriksi spesifik, dan didasarkan pada polimorfisme fragmen restriksi dan hibridisasi yang dihasilkan. Perbedaan utama antara RAPL dan RFLP adalah bahwa RAPD adalah jenis teknik PCR yang dilakukan tanpa pengetahuan urutan sebelumnya sedangkan RFLP tidak terlibat dalam PCR dan memerlukan pengetahuan urutan sebelumnya untuk melakukan teknik tersebut.
Apa itu RAPD?
RAPD adalah penanda molekuler yang berguna dalam biologi molekuler. Ini adalah teknik yang cepat dan mudah. RAPD dapat didefinisikan sebagai metode yang menghasilkan sekuens DNA polimorfik sebagai hasil dari amplifikasi acak beberapa lokasi templat DNA target. RAPD menggunakan primer oligonukleotida pendek dengan urutan arbitrer untuk amplifikasi PCR. Primer disintesis secara artifisial tanpa pengetahuan urutan sebelumnya. Oleh karena itu, ini dianggap sebagai teknik yang mudah dan berguna.
Langkah-langkah utama berikut terlibat dalam RAPD.
- Ekstraksi DNA target
- Amplifikasi beberapa lokasi DNA target menggunakan primer yang dipilih secara acak
- Elektroforesis gel dari produk PCR yang diperkuat
- Pewarnaan dengan etidium bromida dan identifikasi polimorfisme
Sebagai hasil dari variasi dalam anil primer, fragmen yang berbeda dengan panjang yang berbeda dihasilkan selama amplifikasi. Oleh karena itu, pola pita pada gel berbeda antara individu dan spesies. Dengan demikian, RAPD memungkinkan pendeteksian variasi genetik antar organisme dalam identifikasi dan diferensiasi.
RAPD diterapkan dalam berbagai studi biologi molekuler seperti identifikasi perbedaan genetik antara spesies yang berkerabat dekat, pemetaan gen, sidik jari DNA, identifikasi penyakit keturunan, dll.
Gambar 01: RAPD
Apa itu RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) adalah penanda molekuler yang digunakan dalam biologi molekuler untuk mengidentifikasi variasi genetik dalam sekuens DNA homolog. Ini adalah penanda genetik pertama yang dikembangkan untuk sidik jari DNA. Semua organisme menghasilkan profil DNA yang unik ketika dibatasi dengan enzim restriksi spesifik. RFLP berfungsi sebagai alat penting dalam menghasilkan profil DNA unik individu dan deteksi variasi genetik di antara mereka. Ketika sampel DNA dicerna dengan endonuklease restriksi spesifik, itu menghasilkan profil DNA yang berbeda yang unik untuk setiap individu. Oleh karena itu, prinsip dari metode ini adalah deteksi variasi genetik di antara organisme dengan membatasi DNA homolog dengan enzim restriksi spesifik dan analisis polimorfisme panjang fragmen melalui elektroforesis gel dan blotting. Pola blotting unik untuk setiap organisme dan mencirikan genotipe tertentu.
Langkah-langkah berikut terlibat dengan RFLP.
- Isolasi DNA dalam jumlah yang cukup dari sampel
- Fragmentasi sampel DNA dengan endonuklease restriksi spesifik menjadi urutan pendek
- Pemisahan fragmen yang dihasilkan dengan panjang yang berbeda dengan elektroforesis gel agarosa.
- Transfer profil gel ke dalam membran dengan Southern blotting
- Hibridisasi membran dengan probe berlabel dan analisis polimorfisme panjang fragmen di setiap profil
RFLP memiliki berbagai aplikasi seperti diagnosis penyakit warisan, pemetaan genom, identifikasi kriminal dalam studi forensik, pengujian paternitas, dll.
Gambar 02: Genotipe RFLP
Apa perbedaan antara RAPD dan RFLP?
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD adalah penanda molekuler berdasarkan primer acak dan PCR. | RFLP adalah penanda molekuler berdasarkan produksi fragmen restriksi panjang yang berbeda. |
| Contoh Wajib | |
| Sampel DNA kecil sudah cukup untuk analisis RAPD. | Sejumlah besar sampel DNA yang diekstraksi diperlukan untuk analisis RFLP. |
| Waktu | |
| RAPD prosesnya cepat. | RFLP adalah proses yang memakan waktu. |
| Penggunaan Primer | |
| Primer acak digunakan dan primer yang sama dapat digunakan untuk spesies yang berbeda. | Probe spesifik spesies digunakan dalam RFLP untuk hibridisasi. |
| Keandalan | |
| Keandalan teknik ini kurang dibandingkan dengan RFLP. | RFLP adalah teknik yang andal. |
| Blotting | |
| RAPD melibatkan blotting selatan. | Southern blotting adalah salah satu langkah dari RFLP. |
| Deteksi Variasi Alel | |
| Variasi alelik tidak dapat dideteksi oleh RAPD. | Variasi alelik dapat dideteksi oleh RFLP. |
| Perlu Pengetahuan Urutan | |
| RAPD tidak memerlukan pengetahuan urutan sebelumnya. | Pengetahuan urutan sebelumnya diperlukan untuk merancang probe. |
| PCR | |
| PCR terlibat dengan RAPD | PCR tidak terlibat dengan RFLP. |
| Reproduksibilitas | |
| RAPD memiliki reproduktifitas rendah | RFLP memiliki reproduktifitas yang tinggi dibandingkan dengan RAPD. |
Ringkasan – RAPD vs RFLP
RAPD dan RFLP adalah penanda penting yang digunakan dalam biologi molekuler. Kedua metode tersebut mampu mendeteksi variasi genetik di antara organisme. RAPD dilakukan dengan menggunakan primer acak. RFLP dilakukan dengan menggunakan enzim restriksi spesifik. Kedua metode menghasilkan profil DNA yang unik untuk organisme individu. RAPD terlibat dalam beberapa langkah dibandingkan RFLP. Tapi itu menghasilkan hasil yang kurang dapat diandalkan dan direproduksi daripada RFLP. Inilah perbedaan utama antara RAPD dan RFLP.
