Perbedaan Kunci – AFLP vs RFLP
Studi DNA sangat penting dalam memahami dan menentukan hubungan filogenetik, mendiagnosis penyakit genetik, dan memetakan genom organisme. Beberapa teknik yang terkait dengan analisis DNA juga digunakan untuk identifikasi gen tertentu atau urutan DNA dalam kumpulan DNA yang tidak diketahui. Mereka dikenal sebagai penanda molekuler. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) dan Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) adalah dua penanda molekuler (metode) yang dikembangkan dalam biologi molekuler untuk mendeteksi variasi genetik antar organisme. Kedua cara tersebut sama pentingnya dan memiliki kelebihan dan kekurangan. Perbedaan utama antara AFLP dan RFLP adalah bahwa AFLP melibatkan amplifikasi PCR selektif dari DNA yang dicerna sementara RFLP tidak melibatkan amplifikasi PCR selektif dari fragmen DNA.
Apa itu AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) adalah alat penting dalam biologi molekuler dan banyak digunakan dalam analisis variasi genetik. AFLP didasarkan pada amplifikasi PCR spesifik dari DNA genom yang terfragmentasi dan deteksi polimorfisme oleh autoradiograf melalui elektroforesis gel. AFLP secara luas berkontribusi untuk mengidentifikasi perbedaan genetik pada galur atau spesies yang terkait erat dari berbagai kerajaan termasuk tumbuhan, hewan, bakteri, dan jamur. AFLP dapat dilakukan dengan sejumlah kecil sampel DNA yang tidak diketahui. Tidak memerlukan pengetahuan urutan sebelumnya dan perancangan probe.
Langkah AFLP
- Isolasi DNA
- Pencernaan DNA dengan endonuklease restriksi
- Ligasi fragmen DNA terbatas dengan adaptor
- Amplifikasi selektif dari fragmen dengan situs pembatasan tertentu
- Pemisahan produk PCR dengan elektroforesis gel
- Visualisasi matriks gel dengan autoradiograf
AFLP adalah metode yang lebih sensitif dan dapat direproduksi yang dapat digunakan dalam pembuatan profil DNA dari beberapa taksa termasuk jamur, bakteri, tumbuhan dan hewan tanpa pengetahuan sebelumnya tentang urutan DNA. Ini membantu dalam mengidentifikasi sedikit perbedaan di antara individu dalam populasi karena sifatnya yang sangat sensitif. AFLP juga penting dalam pemetaan genom, studi forensik, pengujian orang tua, genotipe, dll.
Gambar 01: AFLP
Apa itu RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) adalah teknik yang digunakan untuk mendeteksi variasi genetik dalam sekuens DNA homolog. Ini adalah metode pertama yang dikembangkan untuk profil DNA. Organisme memiliki sidik jari DNA atau profil DNA yang unik. RFLP berfungsi sebagai alat penting untuk menganalisis variasi antara profil DNA organisme intraspesifik atau organisme yang terkait erat karena sekuens homolog memiliki situs restriksi (lokasi) yang berbeda yang unik untuk organisme tertentu. Ketika DNA homolog dicerna dengan endonuklease restriksi spesifik, akan menghasilkan profil DNA yang berbeda yang unik untuk setiap individu. Oleh karena itu, prinsip dari metode ini adalah deteksi variasi genetik di antara organisme dengan membatasi DNA homolog dengan enzim restriksi spesifik dan analisis polimorfisme panjang fragmen melalui elektroforesis gel dan blotting. Pola blotting unik untuk setiap organisme dan mencirikan genotipe tertentu.
Langkah RFLP
- Isolasi DNA dalam jumlah yang cukup dari sampel
- Fragmentasi sampel DNA dengan endonuklease restriksi spesifik menjadi urutan pendek
- Pemisahan fragmen yang dihasilkan dengan panjang yang berbeda dengan elektroforesis gel agarosa.
- Transfer profil gel ke dalam membran dengan Southern blotting
- Hibridisasi membran dengan probe berlabel dan analisis polimorfisme panjang fragmen di setiap profil
RFLP adalah teknik yang sangat penting dalam mendeteksi pewarisan penyakit dan menemukan risiko terjadinya penyakit di antara anggota keluarga. RFLP juga sering digunakan dalam pemetaan genom, mengidentifikasi penjahat dalam forensik, pengujian paternitas, dll. RFLP juga memiliki beberapa keterbatasan. RFLP membutuhkan pengetahuan sebelumnya tentang data urutan untuk merancang probe untuk hibridisasi. Ini juga membutuhkan isolasi DNA dalam jumlah yang cukup dari sampel untuk dianalisis, yang sulit dalam studi forensik.
Gambar 01: Pemetaan RRFLP
Apa perbedaan antara AFLP dan RFLP?
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP melibatkan amplifikasi PCR selektif dari DNA yang dicerna. | RFLP tidak melibatkan PCR kecuali PCR-RFLP. |
| Pengetahuan Urutan | |
| Pengetahuan urutan sebelumnya tidak diperlukan. | Pengetahuan urutan sebelumnya diperlukan untuk merancang probe RFLP. |
| Keandalan | |
| Ini lebih dapat diandalkan. | Ini kurang dapat diandalkan dibandingkan dengan AFLP. |
| Efisiensi dalam Mendeteksi Polimorfisme | |
| Ini memiliki efisiensi yang lebih tinggi dalam mendeteksi polimorfisme daripada RFLP. | Ini kurang efisien dibandingkan dengan AFLP. |
| Biaya | |
| Ini sedikit mahal dibandingkan dengan RFLP. | Ini lebih murah dibandingkan dengan AFLP. |
| Aplikasi | |
| AFLP telah diterapkan pada pemetaan genom, sidik jari DNA, studi keragaman genetik, pengujian paternitas, dan forensik | Analisis RFLP adalah alat penting dalam pemetaan genom, lokalisasi gen untuk kelainan genetik, penentuan risiko penyakit, dan pengujian paternitas. |
Ringkasan – AFLP vs RFLP
AFLP dan RFLP adalah dua teknik yang digunakan sebagai penanda genetik untuk evaluasi keragaman dan penilaian hubungan genetik dalam biologi molekuler. AFLP berfungsi sebagai metode yang efisien dan sensitif untuk mendeteksi polimorfisme genetik antar organisme selain RFLP. Namun, meskipun kedua metode ini memiliki efisiensi yang berbeda dalam mendeteksi variasi genetik, keduanya masih digunakan untuk sidik jari DNA dan diagnosis penyakit.
