Perbedaan Kunci – Exome vs Transkriptome
Sebuah gen mengandung daerah pengkode dan bukan pengkode di dalamnya. Urutan pengkodean dikenal sebagai ekson, dan urutan non-coding dikenal sebagai intron. Urutan nukleotida ekson gen mewakili kode genetik gen untuk mensintesis protein spesifik. Oleh karena itu, ekson tetap berada dalam molekul mRNA. Wilayah ekson total genom dikenal sebagai exome, dan merupakan bagian penting dari genom. Kode genetik gen diubah menjadi kode genetik molekul mRNA, yang diperlukan untuk produksi protein. Seluruh molekul mRNA yang ditranskripsi dalam sel atau populasi sel pada suatu waktu dikenal sebagai transkriptom. Perbedaan utama antara eksom dan transkriptom adalah bahwa eksom mewakili urutan daerah ekson genom sedangkan transkriptom mewakili total mRNA sel atau jaringan pada waktu tertentu.
Apa itu Exome?
Gen terdiri dari ekson, intron, dan urutan regulasi. Ekson adalah daerah gen yang ditranskripsi menjadi urutan mRNA selama transkripsi. Intron dan daerah non-coding lainnya dihapus selama transkripsi. Urutan nukleotida ekson menentukan kode genetik gen yang mensintesis protein spesifik yang dikodekannya. Hanya ekson yang tersisa dalam mRNA protein. Kumpulan ekson dalam genom dikenal sebagai eksom suatu organisme. Ini mewakili bagian dari genom yang diekspresikan dalam gen. Pada manusia, exome menyumbang 1% dari genom. Ini adalah bagian pengkode protein dari genom manusia.
Gambar 01: Exome
Apa itu Transkriptom?
Transkriptom adalah kumpulan semua transkrip pengkodean dan non-pengkodean (RNA) protein dalam jaringan tertentu. Transkriptom mewakili kumpulan molekul mRNA total yang diekspresikan oleh gen dalam sel atau jaringan. Transkriptom sel dapat divariasikan dengan transkriptom jenis sel lain. Transkriptom juga dinamis – ia berubah seiring waktu sebagai respons terhadap rangsangan internal dan eksternal. Bahkan dalam jaringan yang sama atau dalam tipe sel yang sama, transkriptom dapat berubah setelah beberapa menit.
Transkriptom berbeda dari eksom suatu organisme. Transkriptom hanya mencakup urutan eksom yang diekspresikan. Meskipun eksom sel tetap sama, transkriptom berbeda antar sel karena ekspresi gen tidak sama untuk semua sel atau jaringan. Hanya gen esensial yang diekspresikan dalam sel dan jaringan yang berbeda. Ekspresi gen adalah proses spesifik jenis jaringan atau sel. Hal ini diatur oleh berbagai faktor termasuk faktor lingkungan. Oleh karena itu, transkriptom dapat bervariasi dengan kondisi lingkungan eksternal.
Transkriptom digunakan sebagai prekursor untuk studi proteomik. Semua protein berasal dari urutan mRNA. Modifikasi translasi dapat mengakibatkan perubahan protein. Namun, transkriptom memberikan informasi dasar yang penting untuk studi proteomik.
Gambar 02: Transkriptom sel induk embrionik
Apa perbedaan antara Exome dan Transkriptom?
Exome vs Transkriptom |
|
| Exome adalah kumpulan daerah pengkode protein dari gen. | Transcriptome adalah kumpulan semua RNA yang ditranskripsi termasuk mRNA. |
| Contoh | |
| Exome dipelajari menggunakan sampel DNA. | Transkriptom dipelajari menggunakan sampel RNA. |
| Metode Belajar | |
| Sekuensing seluruh exome adalah metode mempelajari exome. | RNA sequencing adalah metode mempelajari transkriptom. |
Ringkasan – Exome vs Transkriptome
Exon adalah urutan pengkodean gen dan menentukan urutan mRNA protein. Kumpulan urutan pengkodean ini (ekson) dikenal sebagai eksom suatu organisme. Gen ditranskripsi menjadi molekul mRNA sebelum membuat protein. Molekul mRNA total sel atau jaringan pada waktu tertentu dikenal sebagai transkriptom. Transkriptom mewakili gen yang secara aktif diekspresikan menjadi mRNA pada waktu tertentu. Transkriptom adalah sel dan jaringan yang spesifik dan mempengaruhi kondisi lingkungan. Inilah perbedaan antara eksome dan transkriptom.
