Perbedaan Kunci – Urutan Exome vs RNA
Sekuensing asam nukleat adalah teknik yang menentukan urutan nukleotida dalam fragmen DNA atau RNA tertentu dari suatu organisme. Sekuensing penting dalam mengidentifikasi susunan DNA dan RNA sel dan membedakan gen tertentu yang mengkode protein fungsional; dengan demikian, sekuensing dapat digunakan untuk memahami mutasi gen dan ekspresi gen ini. Metode Sanger Sequencing atau yang lebih maju Metode pengurutan generasi berikutnya adalah metode pengurutan yang umum digunakan. Sekuensing eksom adalah pengurutan set lengkap ekson atau pengkodean daerah DNA yang ada dalam suatu organisme sedangkan sekuensing RNA adalah prosedur pengurutan asam ribonukleat (RNA). Inilah perbedaan utama antara sekuensing exome dan RNA.
Apa itu Exome Sequencing?
Exome adalah bagian dari genom yang terdiri dari gen pengkode organisme tertentu. Gen pengkode disebut sebagai ekson dan ditranskripsi menjadi mRNA dan kemudian diterjemahkan ke dalam urutan asam amino. Selama modifikasi pasca transkripsi, mekanisme penyambungan RNA pada eukariota menghilangkan intron (daerah non pengkodean), dan ekson tetap ada. Ada dua teknik utama di mana pengurutan exome dilakukan: berbasis solusi dan berbasis array.
Dalam sekuensing exome berbasis larutan, sampel DNA difragmentasi menggunakan enzim restriksi atau metode mekanis dan didenaturasi oleh panas. Dalam teknik ini, probe oligonukleotida terbiotinilasi (umpan) digunakan untuk hibridisasi selektif dengan daerah target dalam genom. Manik-manik streptavidin magnetik digunakan untuk langkah pengikatan. Pengikatan diikuti oleh langkah pencucian di mana urutan yang tidak terikat dan tidak bertarget terhanyut. Target terikat kemudian diamplifikasi menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan kemudian diurutkan menggunakan teknik Sanger sequencing atau Next Generation Sequencing.
Gambar 01: Urutan Exome
Metode berbasis array juga mirip dengan metode berbasis solusi, kecuali bahwa fragmen DNA ditangkap ke dalam array mikro, dan kemudian mengikuti langkah-langkah pengikatan dan pencucian sebelum diurutkan.
Sekuensing exome digunakan dalam banyak aplikasi seperti diagnosis genetik penyakit, terapi gen, dalam mengidentifikasi penanda genetik baru, di bidang pertanian untuk mengidentifikasi berbagai sifat agronomi yang menguntungkan dan dalam prosedur pemuliaan tanaman.
Apa itu Sekuensing RNA?
Urutan RNA didasarkan pada transkriptom, yang merupakan transkrip lengkap sel. Tujuan utama dari sekuensing RNA adalah untuk membuat katalog semua spesies transkrip, termasuk mRNA, RNA non-coding, dan RNA kecil, untuk menentukan struktur transkripsi gen dan untuk mengukur tingkat ekspresi setiap transkrip selama pengembangan. Selama sekuensing RNA, teknologi hibridisasi (yang merupakan DNA komplementer yang berasal dari sekuens mRNA matang) awalnya digunakan untuk sekuensing. Saat ini, teknik through-put yang lebih akurat dan canggih digunakan untuk pengurutan RNA.
Gambar 02: Urutan RNA
Dalam pengurutan RNA, sampel RNA yang dapat berupa RNA total atau RNA terfraksionasi diubah menjadi DNA komplementernya (cDNA) menggunakan transkripsi balik, dan pustaka cDNA disiapkan. Setiap fragmen cDNA terpasang ke adaptor di kedua sisi (pengurutan ujung pasangan) atau di satu sisi (pengurutan ujung tunggal). Urutan yang diberi tag ini diurutkan menggunakan pengurutan Sanger atau generasi berikutnya, seperti pengurutan exome.
Apa Persamaan Antara Exome dan RNA Sequencing?
- Fragmen pendek yang dipilih atau seluruh rangkaian DNA / RNA dapat digunakan untuk pengurutan Exome atau RNA.
- Fragmen yang diurutkan disimpan di perpustakaan.
- Pengurutan Sanger atau Pengurutan Generasi Berikutnya dapat digunakan.
- Keduanya adalah metode sekuensing in vitro.
- Fragmen yang diurutkan dapat ditentukan dengan tag fluorescent.
Apa Perbedaan Antara Urutan Exome dan RNA?
Pengurutan Exome vs RNA |
|
| Pengurutan eksome adalah pengurutan set lengkap ekson atau daerah pengkodean DNA yang ada dalam suatu organisme. | Urutan RNA mengacu pada prosedur pengurutan asam ribonukleat (RNA); transkriptom. |
| Contoh Awal | |
| DNA genomik adalah sampel awal dari sekuensing exome. | RNA adalah sampel awal pengurutan RNA. |
| Komposisi | |
| Ini hanya berisi daerah pengkode dari total DNA yang dikenal sebagai Ekson | Ini berisi RNA-mRNA / transkriptom. |
| Pengurutan | |
| Ada dua metode utama pengurutan exome; teknologi berbasis solusi dan berbasis array. | RNA sequencing dilakukan melalui persiapan pustaka cDNA dengan mengekstrak RNA total atau RNA yang terfragmentasi. |
Ringkasan – Urutan Exome vs RNA
Exome adalah set lengkap daerah pengkodean suatu organisme dan teknik yang terlibat dalam penentuan urutan nukleotida yang tepat dari Exome dikenal sebagai sekuensing exome. Urutan RNA adalah teknik yang terlibat dalam penentuan urutan nukleotida RNA suatu organisme. Inilah perbedaan antara sekuensing exome dan RNA.
Unduh Versi PDF dari Exome vs RNA Sequencing
Anda dapat mengunduh versi PDF dari artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan offline sesuai catatan kutipan. Silakan unduh versi PDF di sini Perbedaan Antara Exome dan RNA Sequencing
