Perbedaan utama antara CDS dan ORF adalah CDS adalah urutan nukleotida aktual dari gen yang diterjemahkan menjadi protein sedangkan ORF adalah rangkaian urutan DNA yang dimulai dengan situs inisiasi terjemahan (kodon awal) dan diakhiri dengan situs terminasi terjemahan (stop codon).
Gen memiliki urutan pengkodean (CDS). Ini terdiri dari total ekson gen dan kodon start dan kodon stop. Ini adalah bagian sebenarnya dari gen yang menerjemahkan dan menghasilkan protein. Open reading frame atau ORF adalah urutan nukleotida yang terletak di antara kodon start dan kodon stop. Tidak ada kodon stop di dalam ORF yang mengganggu kode genetik yang diterjemahkan menjadi protein. Pada prokariota, CDS dan ORF dari suatu gen adalah sama.
Apa itu CDS?
CDS atau coding sequence adalah bagian dari gen yang sebenarnya diterjemahkan menjadi protein. Ini terdiri dari ekson dan dua kodon yang dikenal sebagai kodon AUG dan kodon stop. CDS tidak berisi dua wilayah yang Tidak Diterjemahkan: UTR 5’ dan UTR 3”. Selain itu, intron tidak termasuk dalam CDS.
Gambar 01: Urutan Pengkodean
Jika dibandingkan dengan seluruh genom individu, urutan pengkodean adalah sebagian kecil. Urutan pengkodean terdiri dari urutan nukleotida yang diperlukan untuk membuat urutan asam amino protein. Oleh karena itu, CDS adalah ekson terkonsentrasi yang dapat dibagi menjadi triplet atau kodon nukleotida. Kodon menghasilkan asam amino.
Apa itu ORF?
Open reading frame atau ORF adalah bentangan kontinu urutan nukleotida yang dimulai dengan kodon start dan diakhiri dengan kodon stop. Dengan kata sederhana, ORF mengacu pada wilayah urutan nukleotida yang terletak di antara kodon start dan stop. Di antaranya, tidak ada kodon stop yang menginterupsi ORF. Urutan nukleotida antara kodon start dan stop mengkode asam amino. Umumnya kodon start adalah ATG sedangkan kodon stop adalah TAG, TAA, dan TGA. ORF memberikan protein fungsional ketika ditranskripsi dan diterjemahkan. Oleh karena itu, ORF mencakup kodon start, beberapa kodon di wilayah tengah dan kodon stop. Menariknya, ORF memiliki panjang yang bisa dibagi tiga.
Gambar 02: Buka Bingkai Baca
Dalam prokariota, karena tidak ada intron, ORF adalah urutan pengkodean gen yang mentranskripsi langsung ke mRNA. Oleh karena itu, CDS dan PRF sama pada prokariota. Saat mencari gen pada prokariota, mudah untuk mendeteksi ORF dan menemukan gen pada prokariota. Pada eukariota, karena ada intron, ORF adalah urutan kodon yang terbentuk setelah pemrosesan atau penyambungan RNA. ORF adalah bukti yang membantu prediksi gen selama ORF kemungkinan besar menjadi bagian dari gen.
Apa Persamaan Antara CDS dan ORF?
- Pada prokariota, CDS dan ORF adalah sama.
- Keduanya memiliki kodon start dan kodon stop.
- Mereka memiliki sejumlah nukleotida yang dapat dibagi tiga.
- Setelah mereka menerjemahkan, mereka menghasilkan urutan asam amino.
Apa Perbedaan CDS dan ORF?
CDS adalah bagian sebenarnya dari gen yang diterjemahkan menjadi protein sementara ORF adalah bentangan DNA antara kodon start dan kodon stop. Jadi, inilah perbedaan utama antara CDS dan ORF. Selain itu, CDS tidak mengandung intron, tetapi ORF mungkin mengandung intron. CDS mentranskripsi sepenuhnya menjadi urutan mRNA lengkap sementara ORF dapat menjadi bagian dari urutan mRNA. Jadi, inilah perbedaan lain antara CDS dan ORF.
Di bawah ini tabulasi infografis berdampingan perbedaan antara CDS dan ORF.
Ringkasan – CDS vs ORF
CDS dan ORF adalah dua bagian penting dari sebuah gen. CDS mengacu pada wilayah sebenarnya dari DNA yang diterjemahkan menjadi protein. ORF adalah urutan DNA yang dimulai dengan kodon awal “ATG” dan diakhiri dengan salah satu dari tiga kodon terminasi (TAA, TAG atau TGA). ORF mungkin merupakan bagian dari mRNA lengkap suatu gen. Namun, urutan pengkodean gen mentranskripsi untuk melengkapi urutan mRNA. Semua CDS adalah ORF. Tetapi tidak semua ORF adalah CDS. Jadi, ini merangkum perbedaan antara CDS dan ORF.
