Perbedaan utama antara synteny dan collinearity adalah bahwa synteny adalah co-localization fisik lokus genetik pada kromosom yang sama dalam spesies, sedangkan collinearity adalah co-localization fisik lokus genetik pada kromosom yang sama pada spesies yang berbeda melestarikan urutan yang sama.
Synteny dan collinearity adalah dua istilah yang digunakan secara bergantian dalam genomik. Kedua istilah tersebut menggambarkan pola lokalisasi gen pada kromosom pada spesies yang berbeda. Susunan gen terkait di antara taksa ini adalah informasi berharga ketika menyimpulkan nenek moyang gen yang sama. Synteny mengacu pada co-lokalisasi fisik lokus genetik pada kromosom yang sama dalam spesies. Collinearity mengacu pada co-localization fisik lokus genetik pada kromosom yang sama pada spesies yang berbeda melestarikan urutan yang sama. Oleh karena itu, ini adalah bentuk synteny.
Apa itu Synteny?
Pada spesies yang berbeda, ada satu set gen yang terletak pada kromosom yang sama. Dan, co-lokalisasi fisik gen pada kromosom yang sama pada spesies yang berbeda ini dikenal sebagai synteny. Juga, gen-gen ini ditemukan sangat dekat satu sama lain pada satu kromosom. Urutan gen mungkin tidak selalu sama. Tapi, lokalisasi gen dekat satu sama lain pada kromosom yang sama terjadi di synteny. Oleh karena itu, synteny terutama menggambarkan pola distribusi gen pada kromosom. Pola ko-lokalisasi gen ini menunjukkan hubungan antara spesies yang berbeda dan evolusinya. Namun, sinteni dapat terganggu karena penataan ulang kromosom seperti translokasi, inversi dan fusi kromosom, dll. duplikasi, kehilangan dan rekombinasi homolog yang tidak sama.
Gambar 01: Synteny
Dipercaya bahwa semua gen yang terkait adalah sintenik. Namun, tidak semua gen syntenic selalu terkait. Mereka memiliki urutan kromosom yang sama. Manusia memiliki banyak gen syntenic dengan mamalia lain. Selain itu, banyak sereal memiliki gen syntenic.
Apa itu Collinearity?
Kolinearitas adalah bentuk sinteni yang lebih spesifik di mana satu set gen terletak pada kromosom yang sama dari spesies yang berbeda dalam urutan yang sama seperti pada spesies leluhur. Oleh karena itu, jika ada penyimpangan dari kolinearitas, itu akan menjadi karakter filogenetik yang lebih andal karena kolinearitas menjelaskan nenek moyang yang sama dari gen.
Gambar 02: Collinearity
Analisis kolinearitas multiway memberikan informasi yang jauh lebih andal tentang spesies terkait dan filogeninya.
Apa Persamaan Antara Synteny dan Collinearity?
- Baik sinteni maupun kolinearitas, satu set lokus pada dua spesies berbeda terletak pada kromosom yang sama.
- Istilah ini menggambarkan ko-lokalisasi fisik lokus genetik pada kromosom yang sama.
- Kolinearitas adalah bentuk sinteni yang lebih spesifik.
- Terkadang kedua istilah tersebut digunakan secara bergantian dalam genomik.
- Jika dua daerah memiliki kolinearitas, keduanya jelas sinten.
- Mereka berguna dalam menyimpulkan filogeni.
Apa Perbedaan Synteny dan Collinearity?
Synteny dan collinearity adalah dua istilah yang digunakan secara bergantian dalam genomik. Synteny mengacu pada co-lokalisasi fisik dari satu set gen dalam kromosom yang sama pada spesies yang berbeda. Collinearity adalah bentuk synteny di mana set gen dilokalisasi bersama dalam urutan yang sama di antara spesies yang berbeda. Oleh karena itu, inilah perbedaan utama antara synteny dan collinearity.
Ringkasan – Synteny vs Collinearity
Istilah synteny dan collinearity mengacu pada satu set gen yang terletak pada kromosom yang sama pada spesies yang berbeda. Faktanya, gen-gen ini terlokalisasi dalam kromosom yang sama pada spesies yang berbeda. Synteny menggambarkan co-localization fisik dari set gen pada kromosom yang sama dalam spesies yang berbeda, sedangkan collinearity adalah bentuk synteny yang lebih spesifik di mana set gen dilokalisasi bersama dalam urutan yang sama. Jadi, ini merangkum perbedaan antara synteny dan collinearity.
