Perbedaan Kunci – Transposase Bakteri vs Integrasi Retroviral
Materi genetik yang dapat diangkut telah berevolusi dengan dua strategi utama untuk berpindah dari satu wilayah ke wilayah berikutnya di dalam dan di antara genom. Salah satu metode adalah memindahkan melalui molekul RNA sebelum pembentukan molekul DNA sementara jalur lainnya melibatkan intermediet DNA. Transposase dan integrase virus adalah contoh materi genetik transposabel tersebut. Transposase bakteri mengikat ujung transposon dan memfasilitasi katalisis pergerakan transposon ke bagian lain genom melalui berbagai mekanisme. Retroviral integrase adalah enzim yang membantu integrasi materi genetik retrovirus seperti HIV ke dalam materi genetik (DNA) sel inang yang diinfeksinya. Inilah perbedaan utama antara transposase bakteri dan integrase retroviral.
Apa itu Transposase Bakteri?
Transposase dapat didefinisikan sebagai enzim yang terikat pada ujung transposon yang memfasilitasi katalisis pergerakan transposon ke bagian lain genom melalui berbagai mekanisme. Mekanisme tersebut termasuk 'mekanisme potong dan tempel' dan 'mekanisme transposisi replikatif'. Transposase pertama kali diperkenalkan melalui kloning enzim yang diperlukan untuk transposisi transposon Tn3. Dua strategi penting telah digunakan oleh elemen genetik transposable untuk perpindahan antara genom atau dari satu situs ke situs lainnya. Transpor melalui perantara RNA sebelum sintesis salinan DNA adalah salah satu strategi sementara yang lain terikat pada intermediet DNA saja. Reaksi rekombinasi yang terlibat dalam integrasi kedua elemen terjadi karena enzim spesifik elemen. Jadi, dalam contoh elemen DNA, enzim ini dikenal sebagai transposase sedangkan dalam contoh elemen RNA, mereka dikenal sebagai integrase.
Saat membandingkan perbedaan antara kedua strategi transposisi, proses penyisipan tampaknya identik secara kimiawi. Tapi, bukti terbaru menunjukkan bahwa kesamaan tertentu dalam mekanisme integrasi terlihat di daerah urutan asam amino yang membentuk situs aktif; motif DDE. Lima famili transposase sedang diklasifikasikan saat ini tetapi jumlah famili belum bertambah dengan karakter transposase baru. Keluarga termasuk transposase DDE, tirosin (Y) transposase, Serine (S) transposase, Rolling circle transposase, Reverse transcriptase/endonuklease (RT/En) dll. Keluarga ini menggunakan mekanisme katalitik yang unik untuk pemecahan dan penggabungan kembali DNA. Transposase DDE terlibat dalam mekanisme potong dan tempel dari transposon asli dan membawa tiga set asam amino yang dilestarikan yaitu; aspartat (D), aspartat (D) dan glutamat (E). Transposase tirosin juga terlibat dalam mekanisme potong dan tempel dengan memanfaatkan residu tirosin, yang bersifat spesifik lokasi.
Gambar 01: Transposase Bakteri
Transposase serin melibatkan intermediet DNA sirkular dan melakukan mekanisme potong dan tempel seperti famili di atas. Transposase lingkaran bergulir terlibat dalam mekanisme penyalinan di mana satu untai langsung disalin ke situs target melalui replikasi DNA. Ini memastikan bahwa untai cetakan dan untai yang disalin memiliki untai yang baru disintesis. Reverse transcriptase/endonuklease transposase memiliki berbagai mekanisme untuk transposisi.
Apa itu Retroviral Integrase?
Dalam konteks Retroviral Integrase, ini dianggap sebagai enzim retroviral yang membantu integrasi materi genetik retrovirus seperti HIV ke dalam materi genetik (DNA) sel yang terinfeksi. Integrase retroviral ini paling sering dikacaukan dengan integrase fag. Contoh untuk integrase fag adalah integrase fag. Tetapi ini adalah enzim yang sama sekali berbeda dan tidak boleh dikacaukan. Sehubungan dengan pembentukan kompleks pra-integrasi retroviral, integrase retroviral memainkan peran utama. Protein integrase retroviral biasanya terdiri dari tiga (03) domain kanonik. Domain-domain ini dihubungkan oleh linker fleksibel.
Tiga domain termasuk domain pengikat seng terminal N di mana tiga bundel heliks dihubungkan dan distabilkan melalui koordinasi dengan keterlibatan kation Zn2+, lipatan RNase H domain inti katalitik dan domain pengikatan DNA terminal C, yang merupakan lipatan SH3. Dengan penyelidikan dan melalui informasi biokimia dan struktural, menunjukkan bahwa integrase retroviral memiliki kemampuan untuk berfungsi sebagai dimer dimmer (tetramer). Dalam konteks multimerisasi dan pengikatan DNA virus, ketiga domain protein integrase retroviral. Fungsi utama integrase retroviral adalah memasukkan materi genetiknya ke DNA inang. Langkah ini merupakan langkah paling krusial dalam replikasi virus virus HIV. Setelah berhasil diintegrasikan, itu akan ada di DNA kromosom sel selama sisa umurnya.
Gambar 02: Integrasi Retroviral
Oleh karena itu, setelah terintegrasi tidak ada pengembalian untuk sel. Integrase retroviral ini terlibat dalam mengkatalisis dua reaksi utama termasuk pemrosesan ujung 3' dan ligasi kovalen. Selama pemrosesan ujung 3', 2-3 nukleotida dari kedua ujung 3' DNA virus dihilangkan dengan maksud untuk mengungkapkan dinukleotida CA dari ujung 3' DNA virus, dan selama ligasi kovalen, ujung 3' yang diproses dari DNA virus diligasi secara kovalen ke dalam DNA kromosom inang.
Apa Persamaan Antara Transposase Bakteri dan Integrasi Retroviral?
Baik Transposase Bakteri dan Integrase Retroviral memiliki urutan asam amino yang serupa
Apa Perbedaan Antara Transposase Bakteri dan Integrasi Retroviral?
Transposase Bakteri vs Integrasi Retroviral |
|
| Bacterial Transposase adalah enzim yang terikat pada ujung transposon sekaligus memfasilitasi katalisis pergerakan transposon ke bagian lain genom melalui berbagai mekanisme. | Retroviral Integrases dianggap sebagai enzim retroviral yang membantu integrasi materi genetik retrovirus seperti HIV ke dalam materi genetik (DNA) sel yang terinfeksi. |
| Mengikat Daerah | |
| Diperlukan daerah pengikatan spesifik yang tinggi untuk Transposase Bakteri. | Sekuens nukleotida kurang atau tidak diperlukan untuk pengikatan. |
Ringkasan – Transposase Bakteri vs Integrasi Retroviral
Transposase bakteri dianggap sebagai enzim retroviral yang membantu integrasi materi genetik retrovirus seperti HIV ke dalam materi genetik (DNA) sel yang terinfeksi. Dua strategi penting telah digunakan oleh elemen genetik transposable untuk perpindahan antara genom atau dari satu situs ke situs lainnya. Lima famili transposase sedang diklasifikasikan saat ini tetapi jumlah famili belum bertambah dengan karakter transposase baru. Retroviral Integrase, dianggap sebagai enzim retroviral yang membantu integrasi materi genetik retrovirus seperti HIV ke dalam materi genetik (DNA) sel yang terinfeksi. Protein integrase retroviral biasanya terdiri dari tiga (03) domain kanonik. Fungsi utama integrase retroviral adalah memasukkan materi genetiknya ke DNA inang. Langkah ini merupakan langkah paling krusial dalam replikasi virus virus HIV. Oleh karena itu, sekali terintegrasi tidak ada jalan kembali untuk sel. Inilah perbedaan antara Transposase Bakteri dan Retroviral Integrase.
Unduh PDF Transposase Bakteri vs Integrasi Retroviral
Anda dapat mengunduh versi PDF artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan offline sesuai catatan kutipan. Silakan unduh versi PDF di sini: Perbedaan Antara Transposase Bakteri dan Integrasi Retroviral
