Perbedaan Kunci – Terjemahan Nick vs Ekstensi Primer
Translasi Nick dan ekstensi primer adalah dua teknik penting yang dilakukan dalam biologi molekuler. Perbedaan utama antara terjemahan nick dan ekstensi primer adalah bahwa proses terjemahan nick menghasilkan probe berlabel untuk teknik hibridisasi lainnya sementara metode ekstensi primer mengidentifikasi urutan RNA spesifik dari campuran dan mengungkapkan informasi tentang ekspresi mRNA. Kedua teknik ini sangat penting dan secara rutin dilakukan di laboratorium penelitian molekuler.
Apa itu Terjemahan Nick?
Terjemahan Nick adalah teknik penting yang digunakan untuk menyiapkan probe berlabel untuk berbagai teknik biologi molekuler seperti blotting, hibridisasi in situ, hibridisasi in situ fluoresen, dll. Ini adalah metode pelabelan DNA in vitro. Probe DNA digunakan untuk mengidentifikasi urutan DNA atau RNA tertentu. Dengan bantuan probe berlabel, fragmen tertentu dapat ditandai atau divisualisasikan dari campuran kompleks asam nukleat. Oleh karena itu, probe berlabel disiapkan menggunakan berbagai teknik yang akan digunakan untuk teknik yang berbeda. Terjemahan Nick adalah salah satu metode yang menghasilkan probe berlabel dengan bantuan enzim DNase 1 dan DNA polimerase 1.
Proses translasi nick dimulai dengan aktivitas enzim DNase 1. DNase 1 memperkenalkan torehan pada tulang punggung fosfat dari DNA untai ganda dengan memutus ikatan fosfodiester antara nukleotida. Setelah torehan dibuat, gugus 3 OH bebas dari nukleotida akan dihasilkan dan enzim DNA polimerase 1 akan bekerja padanya. Aktivitas eksonuklease 5 'ke 3' DNA polimerase 1 menghilangkan nukleotida dari nick menuju arah 3 'dari untai DNA. Secara bersamaan, aktivitas polimerase enzim DNA polimerase 1 bekerja dan menambahkan nukleotida untuk menggantikan nukleotida yang dihilangkan. Jika nukleotida diberi label, penggantian akan terjadi oleh nukleotida berlabel dan akan menandai DNA untuk identifikasi. DNA berlabel yang baru disintesis ini dapat digunakan sebagai probe dalam berbagai reaksi hibridisasi di Biologi Molekuler.
Gambar 01: Proses terjemahan Nick
Apa itu Ekstensi Primer?
Perpanjangan primer adalah teknik yang digunakan untuk menemukan urutan RNA spesifik dari campuran RNA dan menemukan ujung 5' dari transkrip mRNA. Ini juga digunakan untuk mempelajari struktur RNA dan ekspresi. Metode ekstensi primer dilakukan dengan primer berlabel atau dengan nukleotida berlabel. Jika primer berlabel digunakan, tidak termasuk kebutuhan pelabelan nukleotida yang digunakan untuk sintesis cDNA. Ada beberapa langkah dalam teknik ini. Ini dimulai dengan ekstraksi RNA dari sampel. Kemudian primer oligonukleotida berlabel ditambahkan ke dalam campuran bersama dengan bahan yang diperlukan untuk mensintesis cDNA dari urutan RNA tertentu. Primer anil dengan urutan komplementer dari campuran. Menggunakan urutan anil primer sebagai template, enzim reverse transcriptase mensintesis DNA komplementer (cDNA) dari urutan RNA. Anil primer dan transkripsi balik hanya terjadi ketika urutan RNA spesifik ada dalam sampel. Akhirnya, ketika denaturasi gel elektroforesis dilakukan, ukuran urutan RNA dapat ditentukan. Juga mudah untuk menemukan basa +1 dari urutan mRNA (situs inisiasi transkripsi) dengan metode ekstensi primer. Jumlah mRNA yang ada dalam sampel dapat diukur dengan metode ini jika digunakan primer berlebih.
Gambar 02: Ekstensi primer
Apa perbedaan antara Terjemahan Nick dan Ekstensi Primer?
Terjemahan Nick vs Ekstensi Primer |
|
| Translasi Nick adalah proses yang membuat probe DNA berlabel untuk berbagai reaksi hibridisasi. | Ekstensi primer adalah teknik yang digunakan untuk menemukan RNA tertentu atau untuk mempelajari ekspresi gen. |
| Enzim yang Digunakan | |
| DNase 1 dan enzim DNA polimerase digunakan. | Enzim transkriptase terbalik digunakan. |
| Penting | |
| Penerjemahan Nick memfasilitasi penandaan urutan DNA tertentu. | Ekstensi primer memungkinkan deteksi ukuran urutan mRNA tertentu dan jumlah yang ada dalam sampel. |
Ringkasan – Terjemahan Nick vs Ekstensi Primer
Translasi Nick adalah metode yang digunakan untuk mensintesis probe berlabel berdasarkan aktivitas enzim DNase 1 dan E coli DNA polimerase 1. Ini adalah metode in vitro yang digunakan di laboratorium sebelum teknik hibridisasi yang berbeda. Selama translasi nick, aktivitas exonuclease 5'-3' DNA polimerase 1 menghilangkan nukleotida di depan nick dan aktivitas polimerase DNA polimerase 1 menggantikan nukleotida yang dihilangkan dengan nukleotida berlabel di belakang nick. Ekstensi primer adalah metode yang digunakan untuk mendeteksi transkrip RNA tertentu dari campuran dan mengukur ukuran dan jumlah RNA bunga. Inilah perbedaan antara terjemahan nick dan ekstensi primer.
