Perbedaan Kunci – Kromosom Berjalan vs Melompat
Kromosom berjalan dan lompat kromosom adalah dua alat teknis yang digunakan dalam biologi molekuler untuk menemukan gen pada kromosom dan pemetaan fisik genom. Kromosom berjalan adalah teknik yang digunakan untuk mengkloning gen target di perpustakaan genom dengan isolasi berulang dan kloning klon yang berdekatan dari perpustakaan genom. Lompatan kromosom adalah versi khusus dari jalan kromosom yang mengatasi titik putus dari jalan kromosom. Berjalan kromosom hanya dapat mengurutkan dan memetakan panjang kecil kromosom sementara lompatan kromosom memungkinkan pengurutan sebagian besar kromosom. Inilah perbedaan utama antara berjalan kromosom dan lompatan kromosom.
Apa itu Jalan Kromosom?
Chromosom walking adalah alat yang mengeksplorasi daerah urutan kromosom yang tidak diketahui dengan menggunakan fragmen restriksi yang tumpang tindih. Dalam kromosom berjalan, bagian dari gen yang diketahui digunakan sebagai probe dan dilanjutkan dengan mengkarakterisasi panjang penuh kromosom yang akan dipetakan atau diurutkan. Ini pergi dari penanda ke panjang target. Dalam kromosom berjalan, ujung setiap fragmen yang tumpang tindih digunakan untuk hibridisasi untuk mengidentifikasi urutan berikutnya.
Probe dibuat dari potongan akhir DNA kloning dan disubklon. Kemudian mereka digunakan untuk menemukan fragmen yang tumpang tindih berikutnya. Semua urutan yang tumpang tindih ini digunakan untuk membangun peta genetik kromosom dan menemukan gen target. Ini adalah metode menganalisis bentangan panjang DNA dengan fragmen kecil yang tumpang tindih dari perpustakaan genom yang direkonstruksi.
Teknik Berjalan Kromosom – Langkah
-
Isolasi fragmen DNA yang mengandung gen atau penanda yang diketahui di dekat gen target
- Persiapan peta pembatasan dari fragmen yang dipilih dan subkloning wilayah akhir fragmen untuk digunakan sebagai penyelidikan
- Hibridisasi probe dengan fragmen tumpang tindih berikutnya
- Penyiapan peta restriksi fragmen 1 dan subkloning wilayah akhir fragmen 1 untuk digunakan sebagai pemeriksaan identifikasi fragmen tumpang tindih berikutnya.
- Hibridisasi probe dengan fragmen tumpang tindih berikutnya 2
- Penyiapan peta restriksi fragmen 2 dan subkloning wilayah akhir fragmen 2 sebagai pemeriksaan untuk identifikasi fragmen tumpang tindih berikutnya
Langkah di atas harus dilanjutkan sampai gen target atau hingga 3' akhir dari total panjang urutan.
Gambar 01: Teknik Berjalan Kromosom
Jalan kromosom merupakan aspek penting dari sitogenetik dalam menemukan SNP dari banyak organisme dan menganalisis penyakit yang ditularkan secara genetik dan menemukan mutasi gen yang relevan.
Apa itu Lompatan Kromosom?
Chromosomal jumping adalah teknik yang digunakan dalam biologi molekuler untuk pemetaan fisik genom organisme. Teknik ini diperkenalkan untuk mengatasi hambatan berjalan kromosom yang muncul setelah menemukan daerah DNA berulang selama proses kloning. Oleh karena itu, teknik lompat kromosom dapat dianggap sebagai versi khusus dari jalan kromosom. Ini adalah metode yang cepat dibandingkan dengan kromosom berjalan dan memungkinkan melewati urutan DNA berulang yang tidak rentan untuk dikloning selama berjalan kromosom. Lompatan kromosom mempersempit kesenjangan antara gen target dan penanda yang diketahui tersedia untuk pemetaan genom.
Alat pelompat kromosom dimulai dengan pemotongan DNA spesifik dengan endonuklease restriksi khusus dan ligasi fragmen menjadi loop melingkar. Kemudian primer yang dirancang dari urutan yang diketahui digunakan untuk mengurutkan loop melingkar. Primer ini memungkinkan lompatan dan pengurutan dengan cara alternatif. Oleh karena itu, ia dapat melewati sekuens DNA berulang dan dengan cepat berjalan melalui kromosom untuk mencari gen target.
Penemuan pengkodean gen untuk penyakit cystic fibrosis dilakukan dengan menggunakan alat lompat kromosom. Dikombinasikan bersama-sama, lompatan dan jalan kromosom dapat meningkatkan proses pemetaan genom.
Gambar 02: Lompatan Kromosom
Apa perbedaan antara Kromosom Berjalan dan Melompat?
Kromosom Berjalan vs Melompat |
|
| Kromosom adalah alat yang digunakan dalam biologi molekuler untuk pemetaan genom dan lokasi gen tertentu. | Chromosom jumping adalah alat yang digunakan untuk pemetaan fisik genom dan penemuan cepat gen target dalam kromosom. |
| Panjang Perbandingan Urutan | |
| Hanya fragmen kecil yang dapat dikloning dengan berjalan di kromosom. | Panjang kromosom yang lebih besar dapat dipetakan dengan lompatan kromosom. |
| Kloning DNA Berulang dalam Kromosom | |
| Teknik berjalan kromosom memiliki kesulitan dalam berjalan melalui urutan DNA berulang yang ditemukan dalam kromosom. | Ini memungkinkan melewati urutan DNA berulang. Oleh karena itu tidak ada kesulitan ketika menemukannya selama pengurutan. |
| Faktor yang Mempengaruhi Proses | |
| Keberhasilan proses tergantung pada ukuran genom dan jarak yang harus "berjalan" dari posisi genom yang diketahui menuju gen yang diinginkan. | Keberhasilan tidak tergantung pada ukuran genom jarak dari penanda ke target. |
| Efek DNA yang Tidak Dikloning | |
| Perjalanan kromosom dapat dihentikan oleh fragmen DNA yang tidak dikloning. | Piccolos nada terendah yang bisa dimainkan adalah D4. |
| Kebutuhan untuk Urutan yang Diketahui | |
| Proses dimulai dengan gen yang diketahui di dekat target. | Proses membutuhkan fragmen yang diketahui untuk mendesain primer. |
Ringkasan – Kromosom Berjalan vs Melompat
Chromosomal walking sering diterapkan ketika diketahui bahwa gen tertentu terletak di dekat gen yang sebelumnya diklon dalam kromosom dan dimungkinkan untuk mengidentifikasinya dengan isolasi berulang klon genom yang berdekatan dari perpustakaan genom. Namun, ketika daerah DNA berulang ditemukan selama teknik berjalan kromosom, prosesnya tidak dapat dilanjutkan. Oleh karena itu, teknik istirahat dari titik itu. Lompatan kromosom adalah alat biologis molekuler yang mengatasi keterbatasan ini untuk memetakan genom. Ini melewati daerah DNA berulang yang sulit untuk dikloning dan membantu dalam pemetaan fisik genom. Inilah perbedaan utama antara kromosom berjalan dan melompat.
