Perbedaan utama antara kesamaan dan identitas dalam perataan urutan adalah bahwa kesamaan adalah kemiripan (kemiripan) antara dua urutan yang dibandingkan sedangkan identitas adalah jumlah karakter yang sama persis antara dua urutan yang berbeda.
Bioinformatika adalah bidang ilmu interdisipliner yang terutama melibatkan biologi molekuler dan genetika, ilmu komputer, matematika, dan statistik. Penjajaran urutan adalah istilah utama dalam bioinformatika. Ini adalah prosedur di mana urutan DNA, RNA atau protein diatur untuk mengidentifikasi daerah kemiripan yang merupakan konsekuensi dari hubungan fungsional, struktural atau evolusi antara urutan. Di akhir perataan, mereka akan disajikan sebagai baris dalam matriks. Untuk menyelaraskan karakter yang identik dalam kolom yang berurutan, celah yang disisipkan ada di antara residu.
Apa itu Kesamaan?
Similarity in sequence alignment adalah kemiripan antara dua barisan jika dibandingkan. Fakta ini tergantung pada identitas barisan. Kesamaan menggambarkan sejauh mana residu disejajarkan. Oleh karena itu, urutan yang serupa mengandung sifat yang serupa. Dalam bioinformatika, kesamaan adalah alat untuk menilai kemiripan antara dua protein.
Gambar 01: Kesamaan dalam Sequence Alignment
Ada dua langkah utama dalam proses sequence alignment. Langkah awal adalah penyelarasan berpasangan, yang membantu menemukan keselarasan optimal antara dua urutan (termasuk celah) menggunakan algoritme seperti BLAST, FastA, dan LALIGN. Algoritme pencocokan menemukan jumlah minimum operasi edit; in-dels dan substitusi untuk menyelaraskan satu urutan ke urutan lainnya. Setelah penyelarasan berpasangan, perlu untuk mendapatkan dua parameter kuantitatif dari setiap perbandingan berpasangan. Mereka adalah identitas dan kesamaan.
Apa itu Identitas?
Identitas dalam perataan urutan adalah jumlah karakter yang sama persis antara dua urutan yang berbeda. Oleh karena itu, kesenjangan tidak diperhitungkan saat menilai identitas. Pengukuran dianggap relasional dengan urutan yang lebih pendek di antara dua urutan. Ini secara signifikan menyiratkan bahwa ia memiliki efek di mana identitas urutan tidak transitif. Jika X=Y dan Y=Z, maka X belum tentu sama dengan Z. Hal ini disimpulkan dalam ukuran jarak identitas.
Gambar 02: Identitas dalam Sequence Alignment
Misalnya, X memiliki barisan AAGGCTT, Y memiliki barisan AAGGC dan Z memiliki barisan AAGGCAT. Identitas antara X dan Y adalah 100% {5 nukleotida identik / min[panjang(X), panjang(Y)]}. Identitas antara Y dan Z juga 100%. Namun identitas antara X dan Z hanya 85% {(6 nukleotida identik / 7)}.
Apa Persamaan Antara Kesamaan dan Identitas dalam Sequence Alignment?
- Kesamaan dan identitas adalah dua istilah yang kami gunakan dalam perataan urutan.
- Juga, mereka merujuk pada kemiripan antara dua urutan.
- Selain itu, kami menyatakannya sebagai nilai persentase.
Apa Perbedaan Antara Kesamaan dan Identitas dalam Sequence Alignment?
Similarity in alignment memberi tahu kemiripan antara dua sekuens jika dibandingkan sementara identitas dalam perataan sekuens memberi tahu jumlah karakter yang sama persis di antara dua sekuens yang berbeda. Oleh karena itu, inilah perbedaan utama antara kesamaan dan identitas dalam perataan urutan.
Ringkasan – Kesamaan vs Identitas dalam Sequence Alignment
Penjajaran urutan membantu mengidentifikasi daerah kemiripan dalam DNA, RNA atau protein yang dihasilkan karena hubungan fungsional, struktural, atau evolusioner antara urutan. Oleh karena itu, kesamaan dan identitas adalah dua istilah kunci dalam konteks keselarasan urutan. Perbedaan utama antara kedua istilah ini adalah kesamaan adalah kemiripan antara dua urutan dalam perbandingan sementara identitas adalah jumlah karakter yang sama persis antara dua urutan yang berbeda. Jadi, ini adalah ringkasan perbedaan antara kesamaan dan identitas dalam penyelarasan urutan.
