Perbedaan Kunci – Ligasi Ujung Tumpul vs Lengket
Endonuklease restriksi adalah enzim spesifik yang memotong DNA untai ganda (dsDNA). Mereka juga dikenal sebagai gunting molekuler dalam biologi molekuler. Enzim restriksi mampu mengenali urutan pendek spesifik dari dsDNA yang dikenal sebagai situs pengenalan dan memotong ikatan fosfodiester dan hidrogen untuk membuka untai ganda. Sebagai hasil pembelahan oleh enzim-enzim ini, fragmen DNA diproduksi dengan berbagai jenis ujung seperti ujung lengket dan ujung tumpul. DNA ligase adalah enzim yang digunakan dalam biologi molekuler untuk menggabungkan dua untai DNA yang berdekatan dengan membentuk ikatan baru. Langkah ini dikenal sebagai ligasi dan menurut jenis ujung DNA yang diikat, mereka dapat disebut sebagai ligasi ujung tumpul dan ligasi ujung lengket. Perbedaan utama antara ligasi ujung tumpul dan lengket adalah bahwa ligasi ujung tumpul terjadi antara fragmen DNA yang mengandung dua ujung tumpul sedangkan ligasi ujung lengket terjadi antara overhang 5 'dan 3'. Dibandingkan dengan ligasi ujung tumpul, ligasi ujung lengket lebih efisien dan stabil.
Apa itu Ligasi Ujung Tumpul?
Beberapa endonuklease restriksi dapat memotong DNA pada basa yang berlawanan dan menghasilkan fragmen DNA ujung tumpul. Enzim ini dikenal sebagai pemotong ujung tumpul; mereka membelah lurus ke tengah situs pembatasan tanpa meninggalkan pangkalan menjorok beruntai tunggal. Ujung tumpul juga dikenal sebagai ujung yang tidak menjorok karena tidak memiliki alas menjorok 3' dan 5' di ujungnya. Kedua untai berakhir dari pasangan basa di ujung tumpul. Enzim pemotongan ujung tumpul yang umum adalah EcoRV HaeIII, AluI dan SmaI.
Ligasi ujung tumpul melibatkan antara dua ujung tumpul. Ini bukan ligasi basa yang menonjol. Ligasi ini kurang efisien dibandingkan dengan ligasi ujung lengket. Namun, dalam beberapa kesempatan, ligasi ujung tumpul menjadi lebih menguntungkan daripada ligasi ujung lengket, terutama saat mengikat produk PCR. Produk PCR selalu diproduksi dengan ujung tumpul. Ligasi ujung tumpul tidak memerlukan ujung komplementer pada DNA untuk ligasi.
Gambar 01: Produksi ujung tumpul oleh enzim Eco RV
Apa itu Ligasi Ujung Lengket?
Beberapa endonuklease restriksi mampu memotong dsDNA, meninggalkan sepotong DNA beruntai tunggal di ujungnya. Ujung-ujung ini dikenal sebagai ujung yang lengket atau menjorok. Ligasi ujung lengket terjadi antara dua fragmen DNA yang mengandung overhang yang cocok karena ujung lengket dimiliki oleh basa yang tidak berpasangan dan membutuhkan basa komplementer untuk membentuk ikatan. Oleh karena itu, perlu menggunakan enzim restriksi yang sama untuk kedua sumber DNA untuk menghasilkan fragmen ligating yang cocok.
Ligasi ujung lengket lebih efisien dan seringkali sangat diinginkan dalam proses kloning. Ada beberapa enzim restriksi yang menghasilkan ujung lengket. Mereka adalah EcoRI, BamHI, HindIII dll.
Gambar 02: Produksi akhir lengket oleh enzim Eco RI
Apa perbedaan antara Ligasi Ujung Tumpul dan Lengket?
Tumpul vs Ligasi Ujung Lengket |
|
| Ligasi ujung tumpul terjadi antara dua fragmen DNA ujung tumpul. | Ligasi ujung lengket terjadi antara dua fragmen DNA yang cocok dengan ujung lengket. |
| Enzim | |
| Pemotong ujung tumpul menghasilkan ujung tumpul. | Pemotong ujung lengket menghasilkan ujung yang lengket atau kohesif. |
| Persyaratan Pencocokan Berakhir | |
| Tidak memerlukan fragmen yang cocok atau basis pelengkap. | Memerlukan basa komplementer di ujungnya untuk membentuk pasangan basa. |
| Efisiensi | |
| Ini kurang efisien daripada ligasi ujung lengket | Ini lebih efisien daripada ligasi ujung tumpul. |
Ringkasan – Ligasi Ujung Tumpul vs Lengket
Endonuklease restriksi mampu membelah dsDNA dan menghasilkan fragmen DNA dengan ujung yang berbeda. Mereka mengenali urutan tertentu dan membatasi DNA menciptakan ujung lengket dan tumpul. Ujung yang lengket memiliki basa yang tidak berpasangan di ujung fragmen. Ujung tumpul dibuat karena belahan lurus dan mereka memiliki pasangan basa di ujungnya. Ligasi ujung lengket membutuhkan dua potongan DNA untai tunggal yang saling melengkapi. Ligasi ujung tumpul terjadi antara dua fragmen ujung tumpul. Inilah perbedaan antara ligasi tumpul dan lengket.
