Perbedaan utama antara retrotransposon LTR dan non-LTR adalah bahwa retrotransposon LTR adalah jenis retrotransposon yang memiliki pengulangan terminal yang panjang dalam strukturnya, sedangkan retrotransposon non-LTR adalah jenis retrotransposon yang tidak memiliki pengulangan terminal yang panjang dalam strukturnya.
Retrotransposon (elemen transposable kelas I atau transposon melalui intermediet RNA) adalah jenis komponen genetik yang dapat menyalin dan menempelkan diri ke lokasi genom yang berbeda. Mereka melakukan ini dengan mengubah RNA kembali menjadi DNA melalui proses yang disebut transkripsi terbalik menggunakan perantara transposisi RNA. Ada dua jenis utama retrotransposon sebagai retrotransposon LTR dan non-LTR
Apa itu Retrotransposon LTR?
LTR retrotransposon adalah jenis retrotransposon yang memiliki pengulangan terminal yang panjang dalam strukturnya. Untaian panjang DNA berulang dapat ditemukan di setiap ujung retrotransposon LTR. Ini dikenal sebagai pengulangan terminal panjang (LTR). Setiap LTR memiliki panjang beberapa ratus pasangan basa. Retrotransposon LTR biasanya lebih dari 5 kilobase. Selain itu, di antara pengulangan terminal panjang, ada gen yang dapat ditranskripsi setara dengan gen retrovirus gag dan pol. Gen-gen ini tumpang tindih sehingga mereka mengkodekan protease yang biasanya memproses transkrip yang dihasilkan menjadi produk gen fungsional.
Gambar 01: Retrotransposon LTR
Gen gag retrotransposon membuat produk yang berasosiasi dengan transkrip retrotransposon lain untuk membentuk partikel mirip virus. Gen Pol membuat produk yang mencakup enzim seperti reverse transcriptase, integrase, dan domain H ribonuclease. Enzim reverse transcriptase melakukan transkripsi terbalik DNA retrotransposon. Enzim integrase mengintegrasikan DNA retrotransposon ke dalam DNA genom eukariotik. Domain ribonuklease H sangat membantu dalam memutuskan ikatan fosfodiester antara intermediet RNA. Retrotransposon LTR juga mengkodekan transkrip dengan situs pengikatan tRNA sehingga mereka dapat menjalani transkripsi balik dengan cukup mudah. Lebih lanjut, karena retrotransposon mengandung informasi genom eukariotik, ia dapat menyisipkan salinan dirinya sendiri ke lokasi genom lain di dalam sel eukariotik.
Apa itu Retrotransposon Non-LTR?
Retrotransposon Non-LTR adalah jenis retrotransposon yang tidak memiliki pengulangan terminal yang panjang dalam strukturnya. Seperti retrotransposon LTR, retrotransposon non-LTR juga mengandung gen untuk reverse transcriptase, protein pengikat RNA, nuklease, dan kadang-kadang ribonuklease domain H. Tetapi mereka tidak memiliki pengulangan terminal yang panjang; sebaliknya, mereka memiliki pengulangan pendek yang dapat memiliki urutan basa terbalik di samping satu sama lain. Protein pengikat RNA mengikat intermediet transposisi RNA, dan nuklease memutuskan ikatan fosfodiester antara nukleotida dalam asam nukleat.
Gambar 02: Retrotransposon LTR dan Non-LTR
Meskipun mereka adalah retrotransposon, mereka tidak dapat melakukan transkripsi terbalik menggunakan perantara RNA dengan cara yang sama seperti retrotransposon LTR. Ini karena retrotransposon non-LTR tidak mengandung sekuens yang mengikat tRNA. Oleh karena itu, retrotransposon non-LTR ditranskripsi menjadi mRNA dan diterjemahkan ke dalam protein bertindak sebagai reverse transcriptase. Reverse transcriptase membuat salinan DNA dari RNA retrotransposon non-LTR yang dapat diintegrasikan ke dalam genom di situs baru. Selain itu, retrotransposon non-LTR terbagi menjadi dua jenis: LINE (elemen nuklir bersela panjang) dan SINE (elemen nuklir bersela pendek).
Apa Persamaan Retrotransposon LTR dan Non-LTR?
- Retrotransposon LTR dan non-LTR adalah dua jenis utama retrotransposon.
- Kedua tipe tersebut mengandung gen untuk enzim seperti reverse transcriptase, RNA binding protein, nuclease, dan ribonuclease domain H.
- Mereka dapat ditemukan dalam genom manusia.
- Kedua tipe ini penting secara evolusi.
Apa Perbedaan Retrotransposon LTR dan Non-LTR?
Retrotransposon LTR memiliki pengulangan terminal yang panjang dalam strukturnya, sedangkan retrotransposon non-LTR tidak memiliki pengulangan terminal yang panjang dalam strukturnya. Jadi, inilah perbedaan utama antara retrotransposon LTR dan non-LTR. Selanjutnya, retrotransposon LTR memiliki pengulangan langsung yang panjang yang hanya merupakan satu urutan basa yang berulang. Sebaliknya, retrotransposon non-LTR memiliki pengulangan pendek yang dapat memiliki urutan basa terbalik di samping satu sama lain.
Infografik di bawah ini menyajikan perbedaan antara retrotransposon LTR dan non-LTR dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.
Ringkasan – Retrotransposon LTR vs Non-LTR
LTR dan retrotransposon non-LTR adalah dua jenis utama dari retrotransposon. Retrotransposon LTR memiliki pengulangan terminal yang panjang dalam strukturnya, sedangkan retrotransposon non-LTR tidak memiliki pengulangan terminal yang panjang dalam strukturnya. Jadi, inilah perbedaan utama antara retrotransposon LTR dan non-LTR.
