Perbedaan utama antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix adalah bahwa helix-loop-helix memediasi dimerisasi protein sementara helix-turn-helix mengatur ekspresi gen melalui pengikatan DNA.
Motif protein adalah urutan singkat yang terkait dengan fungsi DNA yang berbeda. Ini terutama terkait dengan situs struktural khusus dengan fungsi kimia atau biologis yang unik. Motif ini mengandung daerah kecil dari struktur tiga dimensi asam amino dengan molekul protein yang berbeda. Biasanya, motif individu hanya mengandung beberapa elemen. Helix-loop-helix dan helix-turn-helix mengandung tiga elemen. Motif struktural protein mereka termasuk loop dengan panjang yang bervariasi dan struktur yang tidak ditentukan.
Apa itu Helix-Loop-Helix?
A helix-loop-helix (HLH) adalah motif struktural protein yang mendefinisikan salah satu keluarga terbesar dari faktor transkripsi dimerisasi. Faktor transkripsi ini mengandung residu asam amino untuk memfasilitasi mekanisme pengikatan DNA, dan bersifat dimer. Motif struktural protein mengandung dua -heliks, dan mereka dihubungkan oleh sebuah loop. Satu heliks tampak lebih kecil dari dua heliks, dan fleksibilitas loop memungkinkan dimerisasi dengan mengemas dan melipat terhadap heliks lain. Heliks yang tampak lebih besar biasanya mengandung daerah pengikatan DNA. Protein HLH mengikat urutan konsensus yang dikenal sebagai E-box. Urutan konsensus adalah urutan terhitung yang mengandung residu nukleotida atau asam amino. E-box adalah elemen yang merespon DNA pada beberapa eukariota yang bertindak sebagai situs pengikatan protein dan mengatur ekspresi gen.
Gambar 01: Motif helix-loop-helix
Faktor transkripsi HLH sangat penting untuk perkembangan dan aktivitas sel. Protein HLH terutama milik enam kelompok, yang ditunjukkan dari huruf A sampai F. Faktor transkripsi yang termasuk dalam setiap kelompok adalah:
Grup A: MyoD, Myf5, Beta2/NeuroD1, Scl, p-CaMK, NeuroD, dan Neurogenins, grup B: MAX, C-Myc, N-Myc, dan TCF4
Grup C: AhR, BMAL-1-CLOCK, HIF, NPAS1, NPAS3, dan MOP5
Grup D; EMC
Grup E: HEY1 dan HEY2
Grup F: EBF1
Karena sebagian besar faktor transkripsi HLH adalah heterodimer, dimerisasi sering mengaturnya.
Apa itu Helix-Turn-Helix?
Helix-turn-helix (HTH) adalah motif struktural protein yang mampu mengikat DNA. Setiap monomer diatur dengan dua -heliks dan bergabung dengan untai asam amino pendek. Ini mengikat alur di heliks DNA. Motif HTH biasanya mengatur ekspresi gen. Pengenalan HTH dan pengikatan ke DNA dilakukan oleh dua -heliks. Satu heliks menempati ujung terminal-N sementara yang lain berada di terminal-C. Dalam kebanyakan skenario, heliks melakukan pengenalan DNA. Oleh karena itu, ini dikenal sebagai heliks pengenalan. Pengikatan alur dalam DNA terjadi melalui serangkaian interaksi Van der Waals dan ikatan hidrogen dengan basa yang terpapar. -helix lainnya menstabilkan interaksi protein dan DNA dan tidak memainkan peran utama dalam pengenalan. Namun, heliks pengenalan dan heliks yang tersisa memiliki orientasi yang sama.
Gambar 02: Helix-turn-helix dari keluarga TetR
HTH diklasifikasikan menurut struktur dan pengaturan spasial heliks. Jenis utama adalah di-heliks, tri-heliks, tetra-heliks, dan HTH bersayap. Tipe di-heliks adalah tipe paling sederhana dengan dua heliks dan domain protein lipat independen. Tipe tri-heliks ditemukan pada aktivator transkripsional Myb. Jenis tetra-heliks memiliki heliks terminal-C ekstra. Akhirnya, HTH bersayap dibentuk oleh 3- heliks bundel dan 3- atau 4- strand beta sheet.
Apa Persamaan Antara Helix-Loop-Helix dan Helix-Turn-Helix?
- Helix-loop-helix dan helix-turn-helix adalah motif struktural protein.
- Keduanya mengandung penyebut yang sama dalam faktor transkripsi basal dan spesifik.
- Mereka hadir dalam eukariota.
Apa Perbedaan Helix-Loop-Helix dan Helix-Turn-Helix?
Helix-loop-helix memediasi dimerisasi protein, sedangkan helix-turn-helix mengatur ekspresi gen melalui pengikatan DNA. Jadi, inilah perbedaan utama antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix. Selain itu, HLH mengandung proto-onkogen dan gen tertentu yang terlibat dalam diferensiasi yang mengkode faktor transkripsi sementara HTH mengandung banyak gen homeotik yang mengkode faktor transkripsi. Selain itu, helix-loop-helix terutama terdiri dari alfa-heliks yang disatukan oleh sebuah loop, sedangkan helix-turn-helix terutama terdiri dari loop yang dihubungkan oleh dudukan asam amino pendek yang membentuk alur.
Infografik di bawah ini menyajikan perbedaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.
Ringkasan – Helix-Loop-Helix vs Helix-Turn-Helix
Motif protein adalah urutan singkat yang terkait dengan fungsi DNA yang berbeda. Helix-loop-helix dan helix-turn-helix adalah dua jenis motif struktural protein. Perbedaan utama antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix adalah bahwa helix-loop-helix memediasi dimerisasi protein, sedangkan helix-turn-helix mengatur ekspresi gen melalui pengikatan DNA. HLH adalah motif struktural protein yang mendefinisikan salah satu keluarga terbesar faktor transkripsi dimerisasi. Motif struktural protein mengandung dua -heliks, dan mereka dihubungkan oleh sebuah loop. HTH merupakan motif struktural protein yang mampu mengikat DNA. Setiap monomer diatur dengan dua -heliks, dan bergabung dengan untai asam amino pendek dan mengikat alur di heliks DNA. Jadi, ini merangkum perbedaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix.
