Perbedaan Kunci – Probe vs Primer
Probe molekuler adalah fragmen DNA atau RNA kecil yang mengenali urutan komplementer dalam DNA atau RNA dan memungkinkan identifikasi urutan target. Primer adalah bagian kecil dari DNA atau RNA yang berfungsi sebagai titik awal untuk sintesis DNA. Primer dan probe berhibridisasi dengan nukleotida komplementer dari DNA template atau DNA target. Namun, perbedaan utama antara probe dan primer adalah bahwa primer diperlukan untuk replikasi DNA sedangkan probe diperlukan untuk mendeteksi sekuens spesifik dalam DNA sampel.
Apa itu Probe?
Probe adalah fragmen kecil DNA atau RNA yang digunakan untuk mendeteksi DNA atau RNA target dalam sampel dengan hibridisasi molekuler. Mereka juga dikenal sebagai penanda molekuler. Panjang probe dapat bervariasi (100 hingga 1000 basa), dan nukleotida probe saling melengkapi dengan bagian dari urutan target. Untuk kemudahan deteksi, probe diberi label dengan isotop radioaktif atau dengan pewarna fluoresen atau antibodi. Probe mengikat dengan basa komplementer dari urutan target dan mengungkapkan keberadaan DNA atau RNA target dalam sampel. Ada dua metode utama pelabelan probe: pelabelan akhir dan terjemahan nick. Probe dikategorikan ke dalam berbagai jenis termasuk probe DNA, probe RNA, probe cDNa dan probe oligonukleotida sintetis, dan mereka disiapkan menggunakan teknik yang berbeda.
Probe adalah alat penting dalam banyak bidang mikroba dan molekuler seperti virologi, patologi forensik, pengujian paternitas, sidik jari DNA, deteksi penyakit genetik, RFLP, sitogenetika molekuler, hibridisasi in situ, dll.
Gambar 01: Probe berlabel fluoresen yang digunakan dalam FISH untuk deteksi patogen
Apa itu Primer?
Primer adalah fragmen DNA atau RNA pendek yang berfungsi sebagai inisiator untuk sintesis DNA. Enzim DNA polimerase menambahkan nukleotida ke kelompok 3 'OH dari urutan primer dan mensintesis untai baru yang melengkapi DNA template. Primer adalah fragmen yang sangat pendek dengan panjang 18 hingga 20 nukleotida. Mereka disintesis secara kimia di laboratorium untuk amplifikasi DNA in vitro (PCR). Primer dapat memiliki urutan nukleotida apa pun karena dirancang oleh pengguna. Mereka disintesis untuk mencocokkan dengan basa komplementer dari DNA template. Oleh karena itu, ia dapat memiliki urutan nukleotida apa pun. Primer sangat penting untuk replikasi DNA karena DNA polimerase tidak dapat mensintesis DNA baru tanpa potongan DNA yang sudah ada sebelumnya. Saat merancang primer untuk PCR, hal-hal berikut perlu dipertimbangkan:
- Primer harus mengandung nukleotida komplementer ke ujung mengapit DNA yang ingin diamplifikasi.
- Primer harus memiliki suhu leleh antara 55 – 65 0C
- G dan C konten harus antara 50 sampai 60%.
Dua primer digunakan dalam PCR sebagai maju dan mundur untuk mereplikasi kedua untai DNA sampel. Primer biasanya digunakan untuk melakukan PCR dan sekuensing DNA.
Gambar 02: Primer annealing dalam PCR
Apa perbedaan antara Probe dan Primer?
Probe vs Primer |
|
| Probe adalah fragmen kecil DNA/RNA yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan urutan target dalam sampel dengan hibridisasi molekuler. | Primer adalah bagian kecil dari DNA atau RNA yang berfungsi sebagai titik awal untuk replikasi DNA. |
| Fungsi | |
| Ini mendeteksi keberadaan urutan tertentu dalam sampel DNA atau RNA. | Ini bertindak sebagai titik awal untuk sintesis DNA. |
| Panjang | |
| Panjang bisa dalam kisaran 100 – 1000 basis | Panjang umumnya sekitar 18 – 20 basis |
| Mengikat dengan Urutan Pelengkap | |
| Probe berhibridisasi dengan basa komplementer dari urutan target | Primer anil dengan basa komplementer dari untai DNA. |
| Pelabelan | |
| Probe diberi label untuk memudahkan deteksi | Primer umumnya tidak diberi label |
| Gunakan dalam PCR | |
| Probe tidak digunakan dalam PCR | Primer digunakan dalam PCR |
Ringkasan – Probe vs Primer
Probe adalah fragmen kecil dari urutan DNA atau RNA yang dapat dihibridisasi dengan nukleotida komplementer untuk mendeteksi urutan target dalam sampel. Probe diberi label secara radioaktif, imunologis atau fluoresensi untuk melihat keberadaan urutan target. Primer adalah fragmen DNA atau RNA yang sangat kecil yang bertindak sebagai titik awal untuk amplifikasi DNA in vitro. DNA polimerase mengidentifikasi primer kelompok 3 'OH dan memulai pembangunan untai baru yang melengkapi template. Probe dan primer bekerja sama dengan hibridisasi dengan nukleotida komplementer. Jadi, perbedaan utama antara probe dan primer adalah fungsi utamanya.
