Perbedaan utama antara dNTP dan ddNTP adalah bahwa dNTP atau deoksiribonukleotida adalah blok bangunan DNA dan memiliki gugus 3ʹ-OH pada struktur gula pentosa sedangkan ddNTP atau dideoksinukleosida trifosfat adalah nukleotida yang tidak memiliki gugus 3ʹ-OH dan mereka digunakan dalam teknik sekuensing DNA dideoksi Sanger untuk menghasilkan sekuens DNA panjang yang berbeda.
dNTP dan ddNTP adalah nukleotida. dNTP mengacu pada nukleotida deoksiribosa. Mereka adalah blok bangunan DNA. dNTP digunakan untuk mensintesis DNA. dNTP, di sisi lain, mengacu pada dideoksinukleosida trifosfat. Mereka digunakan dalam sekuensing Sanger untuk menghentikan sintesis DNA pada panjang yang berbeda. Mereka kekurangan gugus OH pada posisi 3ʹ. Sebuah hidrogen hadir pada posisi 3ʹ bukan gugus OH. Oleh karena itu, ddNTP tidak dapat membentuk ikatan fosfodiester dengan nukleotida berikutnya. dNTP mampu melakukan sintesis DNA, sedangkan ddNTP mampu mengakhiri polimerisasi DNA.
Apa itu dNTP?
dNTP adalah singkatan dari deoxyribose nucleotide atau deoxyribonucleotide. Ini adalah blok bangunan DNA. Ada empat jenis dNTP. Mereka adalah dATP, dTTP, dCTP dan dGTP. Mereka diberi nama menurut basa nitrogen purin atau pirimidin: Adenin (A), Guanin (G), Timin (T) dan Sitosin (C).
Gambar 01: dNTP
Adenin dan guanin adalah basa purin sedangkan timin dan sitosin adalah basa pirimidin. Gula pentosa dari dNTP adalah deoksiribosa. Ada juga gugus fosfat. Oleh karena itu, dNTP terdiri dari tiga komponen: basa nitrogen, gula deoksiribosa, dan gugus fosfat. dNTP ini bergabung satu sama lain melalui ikatan fosfodiester. Dalam dNTPs, ada gugus OH yang terikat pada posisi 3ʹ gula pentosa yang diperlukan untuk membentuk ikatan dengan gugus fosfat yang terikat pada karbon 5ʹ gula nukleotida berikutnya. Karena semua dNTP memiliki gugus 3ʹ -OH ini, mereka mampu mensintesis dan memperluas untai DNA. Oleh karena itu, dNTP bertindak sebagai unit pengulangan dasar DNA dan materi kimia gen. Sintesis DNA selalu berlangsung dari 5ʹ ke 3ʹ.
Apa itu DdNTP?
Pengurutan Sanger adalah metode pengurutan DNA generasi pertama yang dikembangkan oleh Frederick Sanger dan rekan-rekannya pada tahun 1977. Metode ini juga dikenal sebagai Pengurutan Terminasi Rantai atau Pengurutan Dideoksi karena prinsip dasar metode ini adalah pemutusan rantai menggunakan dideoksinukleosida trifosfat (ddNTP). ddNTP adalah nukleotida yang digunakan dalam sekuensing Sanger. Sekuensing sanger didasarkan pada penggabungan selektif ddNTPs dan penghentian sintesis DNA selama replikasi DNA in vitro. Keistimewaan ddNTP adalah tidak adanya gugus 3ʹ-OH pada gula pentosa untuk melanjutkan pembentukan ikatan fosfodiester antara gugus fosfat 5ʹ pada nukleotida yang berdekatan. Oleh karena itu, setelah ddNTP melekat pada untai yang memanjang, pemanjangan rantai berhenti dan berakhir dari titik itu. ddNTPs bertindak sebagai penghambat pemanjangan rantai DNA polimerase selama metode sekuensing Sanger.
Gambar 02: ddNTP
Ada empat ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP dan ddTTP yang digunakan dalam pengurutan Sanger. Nukleotida ini menghentikan proses replikasi DNA ketika mereka dimasukkan ke dalam untai DNA yang sedang tumbuh. Akibatnya, sekuensing Sanger menghasilkan panjang DNA pendek yang bervariasi. Elektroforesis gel kapiler digunakan untuk mengatur untaian DNA pendek ini berdasarkan ukurannya pada gel. ddNTP diberi label radioaktif atau fluoresen dengan warna berbeda untuk kemudahan menganalisis urutan DNA. Dengan menganalisis gel, urutan nukleotida dari untai DNA yang tidak diketahui dapat ditentukan.
Apa Persamaan Antara dNTP dan DdNTP?
- Baik dNTP dan ddNTP digunakan dalam pengurutan Sanger.
- Ada empat jenis dNTP dan ddNTP.
- Mereka terdiri dari tiga komponen: basa nitrogen, gula deoksiribosa, dan gugus fosfat.
Apa Perbedaan dNTP dan DdNTP?
dNTP adalah salah satu dari empat jenis deoksiribonukleotida yang merupakan bahan penyusun DNA. ddNTP adalah salah satu dari empat jenis dideoksiribonukleosida trifosfat yang digunakan dalam teknik sekuensing Sanger. dNTP memiliki gugus 3ʹ-OH pada gula pentosa sedangkan ddNTP tidak memiliki gugus 3ʹ-OH pada gula pentosa. Jadi, inilah perbedaan utama antara dNTP dan ddNTP. Selain itu, dNTP melakukan polimerisasi DNA sementara ddNTP mengakhiri polimerisasi DNA. Oleh karena itu, ini adalah perbedaan utama lainnya antara dNTP dan ddNTP.
Infografik di bawah ini mencantumkan perbedaan antara dNTP dan ddNTP dalam bentuk tabel.
Ringkasan – dNTP vs DdNTP
DNTP normal adalah blok penyusun DNA sedangkan ddNTP adalah nukleotida yang digunakan dalam teknik sekuensing Sanger. dNTP memiliki 3ʹ-OH sedangkan ddNTP tidak memiliki 3ʹ-OH. Jadi, inilah perbedaan utama antara dNTP dan ddNTP. Selain itu, dNTP dapat mensintesis untai DNA sementara ddNTP dapat menghentikan polimerisasi DNA. Oleh karena itu, ddNTP digunakan dalam sekuensing Sanger untuk menghasilkan untaian DNA yang berbeda dengan panjang yang bervariasi. Selama pengurutan Sanger, dNTP dan ddNTP disertakan.
