Perbedaan utama antara contig dan scaffold adalah contig tidak memiliki celah sedangkan scaffold terdiri dari contig dan celah.
Pengurutan genom organisme multiseluler sangat sulit dibandingkan dengan pengurutan organisme uniseluler. Sekuensing senapan seluruh genom adalah teknik pengurutan genom yang mudah dan cepat untuk genom multiseluler. Ini adalah metode yang mengurutkan banyak fragmen DNA yang tumpang tindih secara paralel. Dalam metode ini, fragmen-fragmen kecil dirangkai menjadi fragmen-fragmen yang lebih besar dan kemudian menjadi contigs yang lebih besar menggunakan komputer. Kemudian contigs dirakit menjadi perancah dan akhirnya menjadi kromosom. Oleh karena itu, contig adalah bentangan urutan nukleotida yang berkelanjutan sedangkan scaffold adalah bagian dari genom yang terdiri dari contig dan celah. Baik contig dan scaffold adalah urutan genom yang direkonstruksi.
Apa itu Contig?
Contig adalah urutan genomik. Ini adalah rangkaian berurutan yang terdiri dari basa A, C, G dan T. Ini dibentuk dengan menyatukan beberapa bit DNA yang tumpang tindih menjadi urutan yang lebih panjang. Dengan kata sederhana, contig adalah kumpulan dari satu set fragmen urutan. Pembuatan contig melibatkan identifikasi fragmen urutan yang tumpang tindih berdasarkan metode pencocokan string dan penyelarasan lokal yang mengidentifikasi ujung urutan yang tumpang tindih.
Contigs tidak memiliki celah. Ini adalah bagian dari perancah. Contigs dirantai bersama-sama saat membuat perancah. Ini membutuhkan informasi tambahan tentang posisi relatif dan orientasi contigs dalam genom. Kesenjangan memisahkan contigs dalam perancah. Pada dasarnya, perakitan contig adalah langkah penting dalam pengurutan senapan seluruh genom. Contigs dirakit akhirnya menjadi urutan genom yang lengkap. Perakitan contig biasanya membutuhkan pemahaman tentang algoritma dalam pencocokan string dan perataan urutan.
Apa itu Scaffold?
Perancah adalah urutan genom yang direkonstruksi dari klon senapan seluruh genom yang diurutkan akhir. Secara struktural, scaffold terdiri dari contigs dan gaps. Oleh karena itu, perancah dibuat dengan merantai contigs bersama-sama dan memisahkannya dengan celah. Pembuatan scaffold membutuhkan informasi mengenai posisi relatif dan orientasi contigs dalam genom. Perakitan senapan seluruh genom bertujuan untuk mewakili setiap urutan genom dalam satu perancah. Tapi, itu tidak mungkin. Oleh karena itu, satu kromosom dapat diwakili oleh beberapa perancah. Terkadang perancah bisa tumpang tindih. Selain itu, beberapa perancah dapat disaring selama perakitan.
Gambar 02: Ikhtisar Majelis Senapan Seluruh Genome
Panjang celah scaffold tidak menunjukkan panjang sebenarnya. Umumnya, celah diatur secara sewenang-wenang ke panjang tetap tertentu. Oleh karena itu, kesenjangan dan ketidakpastian dalam panjangnya menciptakan masalah dalam memahami hubungan spasial sebenarnya dari elemen fungsional dalam genom dan tingkat sebenarnya dari informasi yang hilang. Terkadang celah mewakili informasi genom yang hilang.
Apa Persamaan Antara Contig dan Scaffold?
- Contig dan scaffold adalah urutan genom yang terdiri dari urutan nukleotida.
- Perancah terdiri dari contig dan celah.
Apa Perbedaan Contig dan Scaffold?
Contig adalah urutan kontinu yang dirakit dari sekumpulan fragmen urutan. Sebaliknya, perancah adalah bagian dari urutan genom yang direkonstruksi dengan merantai contigs bersama-sama. Jadi, inilah perbedaan utama antara contig dan scaffold. Selain itu, contig tidak memiliki celah sedangkan contig dalam scaffold dipisahkan oleh celah.
Di bawah infografis mentabulasi lebih banyak perbedaan antara contig dan scaffold.
Ringkasan – Contig vs Scaffold
Baik contig dan scaffold adalah sekuens nukleotida yang direkonstruksi dalam proyek sekuensing seluruh genom. Contig adalah bentangan terus menerus dari urutan genom yang mengandung basa A, C, G dan T tanpa celah. Scaffold adalah urutan genom yang terdiri dari contigs dan gaps. Oleh karena itu, komponen rakitan terpendek adalah contigs sedangkan scaffolds adalah kumpulan contigs. Akhirnya, perancah dirakit menjadi kromosom dalam sekuensing seluruh genom. Jadi, ini merangkum perbedaan antara contig dan scaffold.
