shRNA vs siRNA
Selama proses interferensi RNA (RNAi), ekspresi gen target dirobohkan dengan spesifisitas dan selektivitas yang tinggi. RNAi adalah proses alami, dan melibatkan RNA pengganggu kecil (siRNA) dan RNA jepit rambut pendek (shRNA) dan shRNA bi-fungsional. Saat ini, RNAi banyak digunakan sebagai alat untuk terapi kanker yang dipersonalisasi. Aplikasi RNAi pada dasarnya dilakukan dengan molekul siRNA untai ganda yang disintesis secara kimia dan molekul shRNA berbasis vektor. Meskipun kedua molekul ini memiliki hasil fungsional yang serupa, mereka berbeda dalam strukturnya; dengan demikian, mekanisme aksi molekuler, jalur RNA, dan efek di luar target dari kedua molekul ini juga berbeda.
shRNA
shRNA adalah urutan molekul RNA kecil yang membuat putaran jepit rambut yang ketat yang dapat digunakan untuk membungkam ekspresi gen target selama RNAi. Ekspresi shRNA dicapai oleh vektor, yang dapat berupa virus atau bakteri atau dengan pengiriman plasmid. Mereka disintesis dalam inti sel dan diangkut ke sitoplasma untuk proses lebih lanjut. Molekul-molekul ini memiliki jalur pematangan miRNA yang serupa; sehingga sintesis miRNA telah memberikan dasar untuk memahami sintesis shRNA. Baik RNA polimerase II atau III dapat mentranskripsikan shRNA melalui promotor RNA polimerase II atau III. Keuntungan dari penggunaan shRNA adalah mereka memiliki tingkat degradasi dan pergantian yang relatif rendah. Kerugiannya adalah memerlukan vektor ekspresi, yang dapat menyebabkan beberapa masalah keamanan.
siRNA
siRNA adalah molekul RNA untai ganda yang terdiri dari 20-25 pasangan basa. Ini digunakan untuk penekanan gen dengan membungkam gen apa pun dengan urutan nukleotida komplementer di jalur RNAi. Knockdown gen dengan transfeksi siRNA seringkali tidak berhasil karena efek sementara; terutama pada sel yang membelah dengan cepat dan penekanannya tidak berlangsung lebih lama. Untuk mengatasi masalah ini, siRNA dimodifikasi dengan memperkenalkan struktur jepit rambut pendek. Molekul yang dimodifikasi ini kemudian dikenal sebagai shRNA. shRNA harus diubah menjadi siRNA oleh Dicer untuk melanjutkan fungsi normalnya.
Apa perbedaan antara shRNA dan siRNA?
• Berbeda dengan siRNA, shRNA memiliki struktur jepit rambut ekstra. shRNA adalah versi modifikasi dari siRNA.
• shRNA membutuhkan vektor ekspresi, sedangkan siRNA tidak.
• shRNA dapat digunakan untuk knockdown jangka panjang sedangkan siRNA hanya dapat digunakan untuk knockdown gen jangka pendek.
• Tidak seperti supresi gen siRNA, supresi shRNA berlangsung lama, dan jika dimasukkan melalui vektor virus yang sesuai, dapat menghasilkan efek pembungkaman gen permanen.
• Dicer diperlukan untuk mengubah shRNA kembali ke molekul siRNA untuk menjalankan fungsi normalnya.
